（1）新出现和重新流行的传染病危害性增大 据农业部1986—1990年对全国畜禽疾病进行的普查表明，我国动物传染病有202种，其中20世纪80年代新发生的传染病15种，包括猪细小病毒感染、传染性胃肠炎、流行性腹泻、传染性萎缩性鼻炎、猪痢疾、猪衣原体病等，寄生虫病2种；90年代又新发生传染病10种，包括蓝耳病、圆环病毒感染、仔猪断奶综合征、增生性肠炎、传染性胸膜肺炎、副猪嗜血杆菌病等，这些新发生的传染病已在全国各地均有发生与流行，给养猪业造成了新的威胁。同时，过去已得到控制的一些传染病，比如狂犬病、布氏杆菌病、结核病、乙型脑炎和血吸虫病等，近几年来发病率不断回升，不仅威胁着养殖业的发展，而且对人类的健康也造成重大影响。
近几年来，国外发生的猪尼帕病毒病、曼那角病毒病、猪盖他病毒感染，以及猪戊型肝炎病毒感染等，严重危害着养猪业的发展，这些病我国目前还没有，应引起关注。
（2）多病原混合感染增多，使病情更加复杂化 当前猪群中发生传染病往往不是单一的病原体所致，而是两种或两种以上的病原体协同作用而造成的。多病原混合感染或继发感染已成为发病的主要形式，比如在病毒病中，猪瘟与伪狂犬病二重感染、猪瘟与伪狂犬病和链球菌病三重感染、蓝耳病与伪狂犬病、蓝耳病与圆环病毒感染等混合感染在临床上已为常见，并以猪瘟病毒、蓝耳病病毒、圆环病毒Ⅱ型、伪狂犬病病毒发生多重感染与继发感染对猪群的危害性最大。在细菌性疫病中，常见喘气病与传染性胸膜肺炎和猪肺疫多重感染、圆环病毒感染与喘气病和副猪嗜血杆菌多重感染。当前在猪群中发生最多的是猪肺炎支原体、传染性胸膜肺炎、放线杆菌、多杀性巴氏杆菌、副猪嗜血杆菌及链球菌等的多重感染，危害严重。此外，还有寄生虫病与病毒病及细菌病的多重感染，比如弓形虫病常与猪瘟、与传染性胸膜肺炎和链球菌病多重感染；附红细胞体病与猪瘟、与大肠杆菌病混合感染。
由于多病原的感染，使病猪所表现的临床症状没有诊断特异性，而是表现为一系列的综合征候群，使病情复杂化，增加了临床诊断的难度，也给疫病控制带来困难，导致猪群发病率和死亡率增高，造成更大的经济损失。
（3）病症非典型化，隐性感染增多 疫病的症状非典型，隐性感染增多，抗药性菌毒株大量出现，给诊疗带来困难。在疫病流行过程中，病原体受到外界环境及高度免疫力的影响，使一些病原体的毒力经常发生改变，有的毒力变强、有的毒力变弱，出现了新的变异株和血清型。加之猪群中的免疫水平不高或免疫抗体不一致，致使某些疫病在猪群中发生流行、并非典型化。比如低毒力猪瘟病毒可引起非典型猪瘟，表现为散发，发病率不高，发病日龄提前（30日龄前可发病），潜伏期延长，缺乏典型的临床症状，病程长，可成为“僵猪”。母猪持续感染，通过胎盘感染仔猪，出现流产、死胎和弱胎等。又由于目前配合饲料中抗菌药物添加剂长期连续的使用，治疗中滥用抗菌药物，加之疫苗质量不稳定，免疫程序不科学、不合理，致使细菌抗药性菌株大量出现，造成疫病的不断发生。比如猪肺疫是由多杀性巴氏杆菌引起的一种急性传染病，发病率和死亡率都比较高。目前猪肺疫已出现了新的血清型，发病多表现为“温和型”，用原有的菌苗免疫不能产生保护力，常用的抗菌药物治疗效果也不理想。猪链球菌病出现了血清Ⅱ型，不仅能引起猪高发病，死亡率增大，而且引起人发病，成为一种新的人畜共患病。
（4）疫病发病年龄提前或延后 流行周期缩短1999—2000年，我国连续出现了母猪和育肥猪的猝死现象，表现为突然死亡，鼻孔与口腔流白沫，全身发白，有神经症状，经实验室鉴定为魏氏梭菌A型与C型所引起。可见该病不再只是1周龄以内的仔猪发病，而且能引起生产母猪发病，发病年龄延后。猪瘟发病日龄最早的为3日龄，断奶前的仔猪发病也已为常见，其发病日龄提前。
（5）猪呼吸道传染病日益突出 目前在我国养猪生产中出现的呼吸道传染病日益突出，自2000年下半年以来，因呼吸道疾病引起死亡的猪只高达0.8亿头之多，造成重大的经济损失。规模化猪场呼吸道传染病的发病率为30%～60%，死亡率为5%～30%。广大农村饲养户猪的发病状况也大致如此。猪呼吸道疾病发病原因不是单一的，而是由多种病原体的混合感染与继发感染而引起的，称之为猪呼吸道病综合征（PRDC）。引起发病的病因分为两类：一是原发性感染病原，如蓝耳病病毒、猪圆环病毒Ⅱ型、猪肺炎支原体、猪伪狂犬病毒、猪流感病毒、猪瘟病毒、猪呼吸道冠状病毒、猪传染性胸膜肺炎放线杆菌、副猪嗜血杆菌和猪支气管败血波氏杆菌等；二是继发性感染病原体，如猪多杀性巴氏杆菌、链球菌、沙门氏菌和大肠杆菌等。原发性病原体先侵入呼吸道和肺脏，破坏呼吸道的防御屏障，损伤肺部的巨噬细胞，造成猪体免疫力下降，抗病力低下。内源性病原体和存在于猪舍空气中和环境中的外源性病原体随之侵入呼吸道和肺脏，引起混合感染和继发感染而暴发呼吸道疾病综合征。另外，猪舍通风不良，卫生条件差，空气与环境污染严重，有害气体过多；气温变化大，猪舍保温不好；不同日龄、不同品种的猪只混群饲养，饲养密度过大；饲料单一，营养不良等各种应激因素都可诱发该病的发生与流行。
（6）繁殖障碍性传染病普遍存在 引起猪繁殖障碍性的传染病有蓝耳病、猪瘟、圆环病毒感染、伪狂犬病、细小病毒病、乙型脑炎、猪流感、附红细胞体病、布氏杆菌病、衣原体病、钩端螺旋体病、弓形虫病等。我国当前以蓝耳病、圆环病毒感染、猪瘟、伪狂犬病及附红细胞体病等造成的繁殖障碍最为普遍和严重。特别是对初产母猪的危害甚大，约可造成70%以上的母猪发生流产、产死胎和弱仔，对种猪场危害很大，应引起重视。
（7）免疫抑制性传染病的危害愈来愈严重 免疫抑制性疫病造成、细胞免疫和体液免疫的抑制，使机体的免疫力和抵抗力大大减弱，猪群健康水平整体下降。蓝耳病与圆环病毒感染（PCV-2）是当前公认的两个主要的免疫抑制性疫病，喘气病也可导致免疫抑制，这些疫病已广泛存在于我国的猪群之中，其危害性愈来愈严重。因为免疫抑制性疫病可直接损害猪的免疫器官和免疫细胞，造成细胞免疫和体液免疫的抑制，使机体的免疫力和抵抗力大大减弱，健康水平整体下降；同时，免疫抑制性疫病对其他疫病疫苗的应答产生干扰作用，如蓝耳病阳性猪场中用猪瘟弱毒疫苗免疫猪群，其抗体水平明显偏低，使猪群对疫病的易感性增高，并发症、继发感染与混合感染明显上升。