1、根据06年广州市规划局下发的《番禺区生活垃圾综合处理厂的选址意见书》，建设单位必须在一年有效期内领取建设项目用地预审报告，但番禺区市政园林局直到2009年4月才获得国土部门批准的土地预审报告。这意味着，这份选址意见书其实是失效的。对此，番禺区区长楼旭逵承认“程序上是一个缺陷”，但同时表示，“这不是一个不可完善的问题，我们可以重新申请”。
2、11月4日，广东省省情调研中心发布的民调数据显示，对于不赞成垃圾焚烧厂的原因，94.4%受访者选择了“因垃圾发电厂建设与民生息息相关，政府有关部门在决策过程中未能广泛征求民意”这一项——从2004年确定选址、2006年通过选址审批，5年来对于公众没有情况通报、没有听证、没有征求意见。直至09年9月，一则媒体通报的消息：“由广日集团投资两亿元的广州市番禺区生活垃圾焚烧发电厂即将进行环评，环评通过后立即破土动工，预计明年建成”，才“惊醒”了周边 30万居民。
3、官方的选址周围是人口稠密的居住区，仅仅诸如丽江花园、华南碧桂园、广州奥园、南国奥园、祈福新村、星河湾等大型楼盘的居民就超过30万，再加上钟村镇与大石镇及会江、上滘、厦滘等已经城镇化的众多村落，总人口在70万~100万之间。可以说，从全世界的范围看，从来没有一个国家将垃圾焚烧项目建在人口如此密集的地方，西方国家基本上都是建在工业区的。这一点，成为番禺项目争议的一个主要焦点。
此外，番禺项目距西南的亚洲最大火车站“广州新火车站”不足3公里，距“新火车站规划区”只有几百米；项目东边1公里处是广州唯一国家5A级风景区香江野生动物园。上述区域又构成“广州新火车站-汉溪长隆”广州城市次级中心区域。
该垃圾厂选址位于广州市可持续发展极其重要和敏感的区域中间、临近：1)新客站。广州市未来海陆空立体交通网的枢纽，广州的新名片之一，广佛都市圈的集散中枢。2)地铁3号线。连接机场、贯穿南北的地铁干线，未来城市交通的主动脉。3)汉溪长隆。集休闲、旅游、度假、娱乐、购物、商务于一体的广州未来第四 商圈，在全国各省会城市中独一无二的超大型商业文化绿地。4)大型楼盘。堪称典范、饮誉国内地产界、广州组团式发展标志、已积聚数十万人口的华南板块七大 楼盘。这四大项目借地域优势而有机结合，必将产生二加二大于五的协同效果。可以预见、未来的新客站商圈与独具广州特色的汉溪长隆商圈将在地铁南北干线的支撑下，在华南板块数十万人口的支持下，从东西两侧向中间融合，成为国内最具特色的现代的超大型的环保型的绿色商圈，并乘广州地铁八号线和佛山地铁二号线由东西贯通广佛之势，沿地铁向佛山梯度延伸、成为广佛同城化的桥头堡、广佛都市圈的核心枢纽。就是这样一个区域，难道非要在其中放置一个垃圾焚烧厂吗？
4、复杂的承建运营商
2009年7月，广日集团宣布，广州市政府已经将广州市生活垃圾的终端处理专营权授权给了广日集团。也就是说，理论上，广日控股公司“垄断”广州垃圾，然而广日集团没有独吞这个大蛋糕，而是与广州诚毅科技开发有限公司（台港澳合资的广东立信企业有限公司旗下子公司）共同出资3亿，成立一家名为广州环保投资有限公司，全面负责生活垃圾处理业务。其中广日集团出资1.53亿元，占51%；诚毅科技出资1.47亿元，占49%。广东立信企业有限公司是一家台港澳合资公司，依靠为广东移动公司开发电子计费器起家。与广日集团公司类似，其也没有从事垃圾焚烧处理的技术和经验。
广州环投公司成立后，立即介入李坑垃圾焚烧发电厂二期工程建设。2009年6月25日，广州环投公司在广州市工商局注册登记成立了“广州禺山环保能源有限公司”，公司注册资金为1.85亿元。随后，广州禺山环保能源有限公司成为番禺生活垃圾焚烧发电厂的建设单位，并于今年9月开始进行工程监理招标。
5、据网友爆料，坚决要求垃圾焚烧的广州市副秘书长吕志毅的弟弟吕志平是垃圾焚烧控股公司广日集团物流公司总经理，其大学刚毕业的儿子吕仁斌（后更正为吕延斌）是垃圾焚烧投资商广州环投公司采购部经理。而吕志毅接受新快报记者电话采访时态度暧昧，并不直接澄清。
6、四位环评专家，“做垃圾焚烧生意”？
教育部固废处理与环境安全重点实验室主任、清华大学教授聂永丰，申请了“立转炉式生活垃圾热解气化焚烧炉”专利，是此项专利的发明（设计）人。
声称“烤肉产生的二恶英比垃圾焚烧高1000倍”的舒成光，被曝是全球最大的垃圾处理企业之一美国卡万塔的中国区副总裁、首席技术专家。
中国科学院生态环境研究中心二恶英研究室主任、研究员郑明辉，中国科学院生态环境研究中心二恶英研究室主任郑明辉2007年在《人民日报》上称二恶英是“定时化学炸弹”，在座谈会上却将二恶英称为“可以控制的老虎”。
环境保护部华南环境科学研究所副所长许振成，则因为华南环境科学研究所正是该垃圾焚烧项目的环评单位被质疑。网友在爆料时还附上了详细的资料出处。
