1956年4月18日，国务院以（56）国设司第30号文件批复，撤消镇远专区，建立黔东南苗族侗族自治州，原镇远专区的余庆县划归遵义专区，都匀专区的麻江、丹寨、黎平、从江、榕江5县划入黔东南自治州，自治州辖16个县，州人民政府驻凯里，1956年7月23日黔东南苗族侗族自治州正式成立。
1958年12月调整行政区划，丹寨、麻江、炉山、雷山4县合并建凯里县，台江县并入剑河县，从江县并入榕江县，施秉县并入黄平县，岑巩县、三穗县并入镇远县，天柱县并入锦屏县，全州设7个县。1961年8月和1962年10月，先后恢复天柱、从江、雷山、麻江4县和施秉、三穗、岑巩、台江、丹寨5县建置，自治州仍辖16个县。1983年8月，国务院批准撤消凯里县建立凯里市。自此，黔东南自治州辖1市15县。