最常用的色谱柱填充剂为化学键合硅胶。反相色谱系统使用非极性填充剂，以十八烷基硅烷键合硅胶最为常用，辛基硅烷键合硅胶和其他类型的硅烷键合硅胶（如氰基键合硅烷和氨基键合硅烷等）也有使用。正相色谱系统使用极性填充剂，常用的填充剂有硅胶等。离子交换色谱系统使用离子交换填充剂；分子排阻色谱系统使用凝胶或高分子多孔微球等填充剂；对映异构体的分离通常使用手性填充剂。
填充剂的性能（如载体的形状、粒径、孔径、表面积、键合基团的表面覆盖度、含碳量和键合类型等）以及色谱柱的填充，直接影响供试品的保留行为和分离效果。孔径在15nm（1nm=10Å）以下的填料适合于分析分子量小于2000 的化合物，分子量大于2000 的化合物则应选择孔径在30nm 以上的填料。除另有规定外，分析柱的填充剂粒径一般在3μm~10μm 之间。粒径更小（约2μm）的填充剂常用于填装微径柱（内径约2mm），使用微径柱时，输液泵的性能、进样体积、检测池体积和系统的死体积等必须与之匹配；如有必要，色谱条件也需作适当的调整。当对其测定结果产生争议时，应以品种正文规定的色谱条件的测定结果为准。 存放前除去杂质和盐，采用合适的存放溶剂，避免色谱柱床的干枯，避免机械振动，防止细菌生长，注意存放的温度。
液相色谱柱的一些基础知识使用介绍分析
液相色谱柱在使用前，最好进行柱的性能测试，并将结果保存起来，作为今后评价柱性能变化的参考。但要注意：柱性能可能由于所使用的样品、流动相、柱温等条件的差异而有所不同；另外，在做柱性能测试时是按照色谱柱出厂报告中的条件进行(出厂测试所使用的条件是zui佳条件)，只有这样，测得的结果才有可比性。
液相色谱柱可以分为许多种：正相色谱柱，反相色谱柱，离子交换柱，液相色谱柱厂家许多，不一样的液相色谱柱也会有不一样的类型。每个厂家有每个厂家的叫法。有的叫液相色谱柱，有的叫色谱柱，有的叫碳十八烷基硅烷化学建合柱。
液相色谱柱可以分为：正相色谱柱,反向色谱柱，凝胶色谱柱，Hilic色谱柱，离子色谱柱，疏水色谱柱，亲和色谱柱，超高效液相色谱柱，手性色谱柱。
液相色谱柱还有专用色谱柱：如麻黄专用色谱柱，蜂蜜专用色谱柱，利巴韦林专用色谱柱，甘露醇专用色谱柱，乳糖专用色谱柱，肝素钠专用色谱柱，氨基酸专用色谱柱，益母草专用色谱柱，硫酸软骨素纳专用色谱柱。头孢聚合物专用色谱柱。抗体剖析专用色谱柱。
1、样品的前处理：
a、最好好使用流动相溶解样品。
b、使用予处理柱除去样品中的强极性或与柱填料产生不可逆吸附的杂质。
c、使用0.45μm的过滤膜过滤除去微粒杂质。
2、流动相的配制：
液相色谱柱是样品组分在柱填料与流动相之间质量交换而达到分离的目的，因此要求流动相具备以下的特点：
a、流动相对样品具有一定的溶解能力，保证样品组分不会沉淀在柱中(或长时间保留在柱中)。
b、流动相具有一定惰性，与样品不产生化学反应(特殊情况除外)。
c、流动相的黏度要尽量小，以便在使用较长的分析柱时能得到好的分离效果；同时降低柱压降，延长液体泵的使用寿命(可运用提高温度的方法降低流动相的黏度)。
d、流动相的物化性质要与使用的检测器相适应。如使用UV检测器，最好使用对紫外吸收较低的溶剂配制。
e、流动相沸点不要太低，否则容易产生气泡，导致实验无法进行。
f、在流动相配制好后，一定要进行脱气。除去溶解在流动相中的微量气体既有利于检测，还可以防止流动相中的微量氧与样品发生作用。
液相色谱柱也已经商品化。由于其特殊的性质，一般仅限于特殊的用途。如，石墨化碳正逐渐成为反相色谱柱填料。这种填料的分离不同于硅胶基质烷基键合相，石墨化碳的表面即是保留的基础，不再需其它的表面改性。该柱填料一般比烷基键合硅胶或多孔聚合物填料的保留能力更强。石墨化碳可用于分离某些几何异构体,又由于在HPLC流动相中不会被溶解, 这类柱可在任何pH与温度下使用。
氧化铝
也可用于HPLC,氧化铝微粒刚性强，可制成稳定的色谱柱柱床，其优点是可在pH高达12的流动相中使用。但由于氧化铝与碱性化合物作用也很强，应用范围受到一定的限制，所以未能广泛应用。新型氧化锆基质色谱填料也可用于HPLC,商品化的仅有聚合物涂层的多孔氧化锆微球色谱柱，应用pH范围1～14，温度可达100℃。由于氧化锆填料是zui近几年才开始研究，加之面临的实验难度，其重要用途与优势尚在进行中。
当然和液相色谱柱的原理一样，液相色谱的柱长度，柱内径对分离效果也有重要的影响．
您现在就可以看到其实液相色谱柱的分离效果主要取决于其色谱填料，柱长度，柱内径这几个因素，从原理上讲，这几个因素相同的柱子，其分离效果是完全一样的．
考虑到这一点，现在您完全根据这个更加本质的依据来现在您的液相色谱柱，而不必一定去现在昂贵的标准指定液相色谱柱．
流动相流速的选择：
液相色谱柱是柱中流动相线性流速的函数，使用不同的流速可得到不同的柱效。对于一根特定的色谱柱，要追求最佳柱效，最好使用最佳流速。对内径为4.6mm的色谱柱，流速一般选择1ml／min，对于内径为4.0mm柱，流速0.8ml／min为佳。