重庆大学创办于1929年，校址最初设在重庆市菜园坝，1933年迁至重庆市沙坪坝嘉陵江畔至今，1935年为四川省立大学，1942年成为国立大学；截止1949年新中国成立前夕，已发展成为一所具有文、理、工、商、法、医等六大学院的国内外知名综合性大学。1952年前后全国高校院系调整，重庆大学的文、理、商、法、医五个学院及工学院中的土建系、化工系等被调整到其他高校，经并入其他高校的部分工科专业后，成为一所以机械、电气、动力、采矿、冶金等学科专业为主体的多科性工业大学。1960年被确定为
全国重点大学。截止1966年，全校共有6个系，15个本科专业。
1978年改革开放以后，重庆大学进行了全面的恢复调整与改革建设，新增了经管文法艺术体育类专业，发展成为以工为主，多学科协调发展的教育部直属全国重点大学。1981年成为全国首批硕士学位授权单位，1984年成为博士学位授权单位，1996年通过教育部“
211工程”部门预审，同年被正式列入国家“211工程”和“九五”建设规划，成为国家首批“211工程”重点建设的高校之一。
2000年5月31日，根据国务院和教育部的有关文件精神，分别属于教育部的全国重点大学——重庆大学、建设部的全国重点大学——重庆建筑大学、
中国建筑工程总公司的全国示范性普通高等工程专科重点建设学校——
重庆建筑高等专科学校三校合并组建成新的重庆大学。
原重庆建筑大学的前身
重庆土木建筑学院是1952年由重庆大学、西南工业专科学校、川北大学、川南工业专科学校、成都艺术专科学校、
西南交通专科学校共六所院校的9个土木、建筑系（科）合并而成。1953年并入
云南大学、贵州大学的土木系，1954年更名为
重庆建筑工程学院，成为西南地区唯一一所建筑工程学院，也是当时中央建筑工程部唯一一所直属高等院校，1958年开始招收研究生。截止1966年，全院共有4个系，15个专业。1978年被原教育部确定为
全国重点高等院校。1994年经原国家教委批准更名为“重庆建筑大学”， 经过恢复调整和改革，学校由一个单科性学院发展成为土建类学科专业齐全，以土木建筑、城乡建设和环境保护等主要专业为特色的、以工为主，兼有理文管理法学等学科的建设部直属的全国重点大学。其建筑学、建筑工程（
土木工程）、供热通风与空调、城市规划和工程管理等主干专业以优异的成绩通过国家教育质量评估，标志着学校土建类学科整体水平居于国内前列，部分学科居于国内领先水平，在国际上也有一定的影响。
原重庆建筑高等专科学校是一所培养建筑设计、建筑装饰技术、施工技术、建筑设备安装、经营管理等方面应用型专门人才的普通高等工程专科学校。其前身为1974年成立的中国人民解放军基本建设工程兵第一技术学校，1983年集体转业改为重庆建筑专科学校，1992年更名为重庆建筑高等专科学校。1997年被原国家教委确定为全国示范性普通高等工程专科重点建设学校。
三校合并后，为了建设好新重大，2001年，教育部与重庆市人民政府签订了《关于重点共建重庆大学的协议》，国家教育部和重庆市政府在2001－2003年期间给新重大投入5.4亿人民币的建设资金；2008年，教育部与重庆市人民政府签订了《中华人民共和国教育部、重庆市人民政府关于继续重点共建重庆大学的协议》。明确提出，重点推动重庆大学若干学科达到或接近国际一流学科水平，尽快把重庆大学建设成为一所国际知名的高水平研究型大学，为此新重大进入了前所未有的快速发展时期。学校在短时间内实现了全面的实质性融合，提高了办学效益，实现了优势互补，优化了资源配置，增强了办学实力。2001年经部市共建成为国家“
985工程”重点建设的高校，2004年被确定为中央直管高校。进入新世纪以来，学校先后经教育部批准新建了网络教育学院、软件学院、人文艺术学院、美视电影学院，2002年恢复成立法学院，2008年恢复成立农学及生命科学研究院，并于2007年将人文艺术学院调整为艺术学院和文学与新闻传媒学院，加强了人文科学的学科建设。