直系是因为首领大都出自直隶省（中国旧省名），奉系是因为首领出自奉天，皖系是因为首领出自安徽（简称皖）。
1、直系
直系军阀领袖大多出身直隶省，在许多政治理念上存在共鸣，故称为“直系”，袁世凯死后，北洋军阀分裂出以直隶（今河北）人冯国璋为首领的一派，政治上亲英美，代表旧地主。
主要代表人物有冯国璋、曹锟、吴佩孚、齐燮元、孙传芳等。冯死后，曹锟、吴佩孚继其首领之位。主要割据在江苏、江西、湖北三省。
2、奉系
奉系军阀是北洋军阀主要派系之一。因首领张作霖出生在奉天故称奉系。奉天即现在的辽宁省，省会沈阳亦称奉天。
主要代表人物有张作霖、张学良、张宗昌、郭松龄、马占山，主要割据在东三省（辽宁。沈阳、黑龙江）。
3、皖系
以其首领段祺瑞为安徽（简称皖）人而得名。主要人物有徐树铮﹑靳云鹏﹑段芝贵﹑傅良佐﹑倪嗣冲等。势力范围在皖、鲁、沪、浙、闽、陕。
扩展资料：
三大军阀首领资料：
1、冯国璋
冯国璋（1859年1月7日—1919年12月28日），字华符，一作华甫，直隶河间县西诗经村人，直系军阀的首领，与王士珍、段祺瑞并称为“北洋三杰”。
冯国璋早年毕业于北洋武备学堂，曾任北洋步兵学堂总办兼督练营务处总办。光绪二十九年（1903年），冯国璋任中央练兵处任军学司正使，后历任统制和第一军总司令。
其为人亦首亦尾，但聪明好学、勤奋刻苦。辛亥革命时率领北洋军镇压武昌起义。后曾奉命率军进攻南京，镇压“二次革命”。又出任江苏都督，坐镇东南。
袁世凯称帝后曾任命他为参谋总长，后来又让他代替段祺瑞兼理征滇总司令，他均未上任。并联合五将军发出逼迫袁世凯取消帝制的通电。
袁世凯死后，黎元洪继任大总统，经过国会补选冯国璋为副总统，在南京办公。后黎元洪与段祺瑞爆发“府院之争”，引发张勋复辟，为段祺瑞所镇压。黎元洪辞职，冯国璋进京任代理总统，段祺瑞复任国务总理。
民国七年（1918年）8月13日，冯国璋通电辞去副总统，于民国八年（1919年）返回河间故里。民国八年（1919年）10月，冯国璋抵北京，12月28日病逝，终年60岁。
2、张作霖
张作霖（1875年3月19日－1928年6月4日），字雨亭，汉族，奉天省海城县驾掌寺乡马家房村西小洼屯（今辽宁省海城市）人。著名爱国将领张学良的父亲。张作霖乳名老疙瘩，他喜欢别人叫他“张大帅”。
张作霖自幼出身贫苦农家，参加过中日甲午战争，后投身绿林，势力壮大，清政府无力征剿，就将其招安。
张作霖协助清廷剿灭杜立三等土匪势力，后又消除蒙患，维护国家统一，逐步提升，先后担任奉天督军、东三省巡阅使等，号称“东北王”，成为北洋军奉系首领。成立东三省陆军整理处。
与孙中山、段祺瑞及卢永祥结成同盟。第二次直奉战争胜利后，张作霖打进北京，任陆海军大元帅，代表中华民国行使统治权，成为国家最高统治者。
在位期间曾多次抵制日本人的拉拢，拒绝签订卖国条约。1928年因前线战事不利，张作霖被迫返回东北。
1928年6月4日，张作霖乘火车被日本关东军预埋的炸药炸成重伤，史称皇姑屯事件，当日送回沈阳官邸后即逝世。
3、段祺瑞
段祺瑞（1865—1936），字芝泉，曾用名启瑞，晚年号称“正道老人”，生于安徽合肥，所以又称“段合肥”。中华民国时期著名政治家，号称“北洋之虎”，皖系军阀首领，孙中山“护法运动”的主要讨伐对象。
1916年至1920年为北洋政府的实际掌权者。1924年至1926年为中华民国临时执政。1926年3月18日发生了段祺瑞政府镇压北京学生运动的三·一八惨案。
“九·一八”事变后，日本人曾胁迫段祺瑞去东北组织傀儡政府，段严词拒绝。1936年11月2日，段祺瑞逝于上海宏恩医院。
号称“六不总理”，曾四任总理，四任陆军总长，一任参谋总长，一任国家元首。是中国现代化军队的第一任陆军总长和炮兵司令。任过中国第一所现代化军事学校——保定军校的总办。
参考资料来源：百度百科——奉系军阀
参考资料来源：百度百科——皖系军阀
参考资料来源：百度百科——直系军阀
直是直隶（今河北）的简称，以冯国璋为头子的军阀集团称为“直系”，掌握了江苏、江西、湖北、直隶等省的地盘，控制了富庶的长江流域。
奉是奉天（今沈阳）的简称，以土匪出身的张作霖为头子，形成了“奉系”军阀，控制东北三省。
参考资料：雅虎
本回答被提问者采纳之所以称为“直系”、“奉系”、“皖系”，是因为这三个军事集团都分别有自己的地盘和势力范围，并且它们之间存在着激烈的竞争和矛盾。
在北洋政府时期，直系、奉系、皖系三个军事集团之间的矛盾和斗争非常激烈，因为它们之间存在着地盘和势力范围的争夺。同时，这三个军事集团也分别有自己的政治势力，如直系军阀中的曹锟、吴佩孚等人是北洋政府的总统和总理，奉系军阀中的张作霖是东北地区的统治者，皖系军阀中的段祺瑞是北洋政府的总理。
因此，直系、奉系、皖系是对民国时期军阀的称呼，反映了当时中国政治和军事的复杂情况。
民国往事：北洋军阀为何分成了三大派系？它们名字的由来是什么？