2000年，长寿县辖凤城、朱家、狮子滩、葛兰、晏家、江南、邻封、但渡、云集、双龙、龙河、石堰、云台、海棠、沙石、新市、付何、渡舟、八颗、洪湖、万顺、称沱22个镇、扇沱、石回、焦家、华中、飞龙、合兴、罗围、乐温、义和、黄葛、天台、大坝、三平、芦池14个乡。 根据第五次人口普查数据：全县总人口874307人，其中各乡镇人口（人）： 凤城镇 146767 朱家镇 46629 晏家镇 28628 渡舟镇 29548 狮子滩镇 17785 葛兰镇 38094 江南镇 13453 邻封镇 18621 但渡镇 20876 云集镇 19905 双龙镇 28589 龙河镇 20068 石堰镇 37096 云台镇 28826 海棠镇 30252 沙石镇 19830 新市镇 28375 付何镇 24184 八颗镇 21713 洪湖镇 16177 万顺镇 28473 称沱镇 15009 扇沱乡 7657 石回乡 13556 焦家乡 18200 华中乡 19985 飞龙乡 10051 台兴乡 18832 罗围乡 16957 乐温乡 8541 义和乡 7259 黄葛乡 20068 大坝乡 4482 天台乡 25897 三平乡 14926 芦池乡 8998
www.xzqh.org 2001年11月21日，长寿县但渡镇政府驻地由但渡村三堡石迁至下洞村宋家庙（渝府[2001]288号）。
2001年12月25日，国务院批准：撤销长寿县，设立重庆市长寿区。
2002年，长寿区辖22个镇、14个乡，38个居委会、569个村委会。年末户籍总人口87.45万人，其中非农业人口16.48万人。
2003年9月5日，重庆市人民政府批准（渝府[2003]200号）同意长寿区将原有的22个镇、14个乡调整为2个街道办事处、16个镇。调整后，街道办事处和镇平均面积由原来的39.6平方千米增加到79.1平方千米，平均人口由原来的24290人增加到48581人。
一、撤销6个镇、14个乡：凤城镇、晏家镇、朱家镇、称沱镇、付何镇、沙石镇、三平乡、扇沱乡、石回乡、焦家乡、飞龙乡、罗围乡、合兴乡、义和乡、大坝乡、芦池乡、黄葛乡、乐温乡、天台乡、华中乡。
二、更名1个镇：将原狮子滩镇更名为长寿湖镇。
三、设立2个街道办事处
凤城街道办事处：办事处驻地黄桷堡3号，辖原凤城镇所辖行政区域，面积72.60平方千米，人口148040人。
晏家街道办事处：办事处驻地晏家场，辖原晏家镇、朱家镇所辖行政区域，面积94.83平方千米，人口73062人。
四、扩大13个镇的行政区域
江南镇：政府驻地千佛场，辖原江南镇和扇沱乡所辖行政区域，面积67.89平方千米，人口20925人。
邻封镇：政府驻地邻封场，辖原邻封镇和焦家乡所辖行政区域，面积55.85平方千米，人口37086人。
长寿湖镇：政府驻地狮子滩，辖原狮子滩镇、石回乡和双龙镇友爱、华丰、响塘、合丰、围子、桂花、沙冲等7个村以及云集镇石堡、花山、大石、中心、玉华、石岭、团坝、红光、怀碧等9个村所辖行政区域，面积104.53平方千米，人口50713人。
云集镇：政府驻地华中场，辖原云集镇水平、青丰、尖锋、同心等4个村和原华中乡、飞龙乡所辖行政区域，面积115.32平方千米，人口35810人。
双龙镇：政府驻地双龙场，辖原双龙镇双龙、光辉、天堂、活鱼、吼水、灯塔、红岩、祠堂、鞍山、群力、连丰、谷黄、新生、和平、龙滩等15个村和罗围乡所辖行政区域，面积56.97平方千米，人口41161人。
龙河镇：政府驻地合兴场，辖原龙河镇、合兴乡、乐温乡所辖行政区域，面积89.9平方千米，人口48616人。
海棠镇：政府驻地海棠铺，辖原海棠镇和黄葛乡中湾村所辖行政区域，面积44.35平方千米，人口29657人。
云台镇：政府驻地云台场，辖原云台镇和义和乡油草寺、桥坝、河坎、拱桥、开丰等5个村以及黄葛乡大坡、黄桷、大凼、园林、巴河、应祝、李坪、青云、八角、六合、石河、梅沱、鲤鱼、双土、三百等15个村所辖行政区域，面积87.29平方千米，人口48490人。
石堰镇：政府驻地石堰场，辖原石堰镇、沙石镇和义和乡干坝、丝栗、宏伟、义和等4个村所辖行政区域，面积107.18平方千米，人口59831人。
葛兰镇：政府驻地葛兰场，辖原葛兰镇、大坝乡、天台乡所辖行政区域，面积110.9平方千米，人口70351人。
八颗镇：政府驻地梓潼场，辖原八颗镇、付何镇所辖行政区域，面积99.25平方千米，人口45372人。
渡舟镇：政府驻地渡舟场，辖原渡舟镇、三平乡所辖行政区域，面积65.05平方千米，人口44475人。
洪湖镇：政府驻地大洪湖，辖原洪湖镇、称沱镇和芦池乡所辖行政区域，面积103.65平方千米，人口39593人。
五、保留3个镇行政区域和政府驻地不变：万顺镇、但渡镇、新市镇。