清太祖努尔哈赤的遗甲十三副起兵，开始了统一满州各部的征战。在此期间，受到叶赫、辉发、乌拉等部的强烈抵抗。明万历二十一年（1593年），蒙古科尔沁部同满州叶赫、乌拉、辉发等共由九部组成的联军攻伐努尔哈赤统领的建州部，即史籍所称九部联军伐满州。古勒山一战，九部联军被努尔哈赤彻底击溃。万历二十二年（1594年），科尔沁部贝勒明安与内喀尔喀五部贝勒老萨共同派遣使者，向努尔哈赤献马百匹、驼十峰以通好。但这时满蒙之间的关系并不紧密，蒙古各部落与努尔哈赤若即若离，努尔哈赤则采取又打又拉的策略。万历二十五年（1597年），努尔哈赤对科尔沁部不满，派穆哈连带兵征讨科尔沁部，科尔沁部得到叶赫部的支援，击败并生擒穆哈连。在蒙古察哈尔部林丹汗继位后，科尔沁部按林丹汗的旨意，在万历三十六年（1608年）派兵援助满州乌拉部，击退努尔哈赤长子褚英的攻打。不久，科尔沁部首领翁果岱带长子奥巴率部援助叶赫部击败努尔哈赤的军队，并杀死努尔哈赤的部将布扬古。科尔沁部还深入建州境内掳掠。
努尔哈赤在统一满州各部后，于1616年建后金，建元天命。为全力对付明朝，解除后顾之忧，加紧了对邻近的蒙古科尔沁部的怀柔活动。当时科尔沁部正处于察哈尔部和后金两强之间，因不满林丹汗无厌的索要和肆意欺凌，遂逐渐向后金靠拢。万历四十年（1612年），努尔哈赤遣使赴科尔沁部，求聘科尔沁部台吉明安之女。明安欣然接受了努尔哈赤的聘礼，回绝了女儿的原聘，并送女与努尔哈赤大宴成婚。从此开始了满蒙之间的联姻。万历四十二年（1614年），努尔哈赤第八子皇太极娶科尔沁部莽古思之女哲哲为妻，后被尊为孝端皇后。次年，努尔哈赤又娶科尔沁台吉洪果尔之女为妻。后金天命八年（1623年），洪果尔又以女嫁努尔哈赤十二子阿济格，科尔沁台吉阿尔寨以女嫁努尔哈赤十四子多尔衮。后金天命十年（1625年），科尔沁台吉宰桑将女布木布泰嫁给皇太极，后被尊为孝庄皇后。9年后，布木布泰的姐姐海兰珠嫁给皇太极。后来博尔济吉特氏又嫁给福临，称孝惠章皇。
频繁的联姻和形势的发展，使满蒙之间结成联盟的条件逐渐成熟。后金天命九年（1624年）二月，努尔哈赤遣希福、库尔缠至蒙古科尔沁部，与奥巴（翁果岱长子，成吉思汗二弟哈布图哈撒尔第18世孙）为首的科尔沁部结成联盟，刑白马乌牛昭告天地盟誓，共同对付察哈尔。察哈尔的林丹汗对科尔沁部与后金结盟大为震怒，于翌年十一月率内喀尔喀讨伐科尔沁部，至奥巴驻地格勒珠尔根围城问罪。奥巴向努尔哈赤告急求援，努尔哈赤派三贝勒莽古尔泰、四贝勒皇太极率兵解围。天命十一年（1626年）五月，奥巴携貂皮、貂裘、驼马等亲赴满洲，答谢努尔哈赤解围之恩。努尔哈赤出城设帐迎接奥巴，并将弟舒尔哈赤四子图伦女肫哲公主嫁给奥巴。六月，努尔哈赤与奥巴在浑河边对天焚香献牲、行三跪九叩礼，并将誓书对天焚之，发誓联合起来共同对付察哈尔、喀尔喀。努尔哈赤封奥巴为土谢图汗，奥巴诸弟也均有封爵。
奥巴与努尔哈赤二次誓盟，努尔哈赤于两个月后去世。努尔哈赤第八子皇太极继位后，于后金天聪二年（1628年）率众亲征察哈尔林丹汗。是年十月，皇太极亲率大军进攻明朝，土谢图汗奥巴率图昧、洪果尔、乌克善等23名台吉及部众随皇太极出征，并在这次征伐中立下卓著战功。从此，科尔沁部与满洲的联盟愈加坚固，凡后金及后之清廷遇有大征伐，科尔沁部皆举众相随，并起到了至关重要的作用。
满清入关后，帮随满蒙联姻而来的满蒙联盟又扩展到漠北地区，到乾隆时期扩展到漠西地区。康熙曾经对蒙古诸王说过：朕世世为天子，尔等世世为王。通过联姻，和笼络满清逐渐稳定了蒙古各部，使之成为满清最稳定可靠的力量。如清末的僧格林沁，就是科尔沁部亲王。而蒙古各部通过这种联姻和联盟关系，巩固了自己的地位，并获得了很大的经济和政治利益。
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