1外置式膜生物反应器
在外置式膜生物反应器中生物反应器与膜单元相对独立，通过混合液循环泵使得处理水通过膜组件后外排；其中生物反应器与膜分离装置之间的相互干扰较小。目前在垃圾渗滤液处理中采用的外置式膜生物反应器一般均选用错流式管式超滤膜。即循环泵为混合液（污泥）提供一定的流速（3.5~5m/s），使混合液在管式超滤膜中形成紊流状态，避免污泥在膜表面沉积。管式膜材质多采用PVDF（聚偏氟乙烯），孔径为0.02um。
对于垃圾渗滤液处理系统，由于进水氨氮及COD浓度很高，为减小生物池容积，提高处理效率，一般使生物池维持较高的污泥浓度，正常运行时通常维持在10~20g/L左右，最高可达40g/L。因此处理垃圾渗滤液的MBR系统通常采用外置式超滤系统，而较少采用内置式，外置式超滤出水SS接近于零，能够满足后续深度处理水质要求。但由于外置式MBR系统机电设备较多，致使电耗大幅增加，运行成本提高。
2内置式膜生物反应器
在内置式MBR中，膜组件置于生物反应器内部，原水进入膜生物反应器后，其中的大部分污染物被混合液中的活性污泥分解，再在抽吸泵或水头差的作用下由膜过滤出水。内置式MBR利用曝气时气液向上的剪切力来实现膜表面的错流效果，减少对膜的污染。与外置式MBR相比，内置式MBR最大的优点是动力消耗低。
在市政污水处理领域应用比较多的是中空纤维膜和平板膜，其中中空纤维膜多采用PP（聚丙烯）材质，孔径为0.082.0um，平板膜材质多采用PVDF（聚偏氟乙烯），孔径为0.03~10um。无论是中空纤维膜还是平板膜，要求生物池中污泥浓度一般不超过10g/L，因此在高浓度的垃圾渗滤液处理工程中较少应用。
膜生物反应器（MBR）通常分为内置式和外置式两种，两种方式各有不同，能耗相差较大。在垃圾渗滤液处理领域，由于渗滤液进水污染物浓度较高，为满足排放标准的要求，取得较好的处理效果，生物池内一般维持较高的污泥浓度，生化处理大多采用外置式MBR处理工艺。虽然外置式MBR工艺能够取得良好的处理效果，但也会导致运行成本大幅增加。
在渗滤液处理技术发展初期阶段，受膜材质等条件的限制，内置式膜只限于在低浓度的生化处理系统中使用，垃圾渗滤液处理系统很少使用内置式膜。近年来，随着一些高科技材料的应用以及生产加工工艺的改进，内置式膜也可以适用于高浓度的生化处理系统，选取合适的膜分离方式，对降低污水处理成本具有重要意义。