一、人鱼失踪记篇
241集 人鱼失踪记(事件篇)
剧情简介：服部收到了一封古怪的委托信，于是，他们一行人便来到了美国岛，没想到这封信的寄件人纱织却在三天前失去了踪影，当晚，岛上热烈的庆祝一年一度的儒艮庆典活动，传说有位吃过人鱼肉的长寿婆，任何人只要拿到她念过咒的儒艮之箭，就能实现长生不老的美梦，但就在庆典进行期间，沙织的朋友寿美竟然被人发现勒死在瀑布上，服部和柯南认为这是一起杀人事件并着手进行调查，然而在为寿美守灵的晚上又发生了一件惨案。
242集 人鱼失踪记(推理篇)
剧情简介：死者是奈绪子，柯南和服部在案发现场发现了鱼鳞和脚印，然而脚印的方向却通向大海，只靠这些零星的线索，根本无法抓到凶手。这时，君惠说她有今年祭典购买号码牌的名册，于是柯南一行人前往神社，悲剧再次发生，君惠为找名册死在仓库的大火之中。之后，柯南和服部分头行动，服部发现了新的线索，正巧此时柯南打来电话，他到底推理出了怎样的真相而让服部吃惊不已？上山找门胁时，和叶为救服部坠落悬崖，她能否化险为夷？
243集 人鱼失踪记(解决篇)
剧情简介：柯南将小五郎麻醉并召集岛上的所有人，准备将真相公之于众，但迟迟未见和叶和服部的身影，在警察的催促中，柯南只好开始对整个案件进行推理，虽然门胁和禄郎最有可能犯案但柯南却首先排除了他们二人的嫌疑，而当他指出真凶时，在座之人无一不感到震惊，这时，自救成功的服部及时赶到推理现场，更是说出了一个让凶手都意外的事实。
二、死亡之馆篇
609集 死亡之馆，赤壁(三顾之礼)
剧情简介：这两人竟然是长野县警官上原由衣和大和敢助，他们此次前来的目的是让柯南和小五郎帮忙破解沾满鲜血的赤壁之谜！于是一行人来到案发的希望之馆，这里曾经住着六个很有才华的年轻人，自从三年前一名女性小葵心脏病发去世之后，她的丈夫明石周作就独自一人留在馆内生活
610集 死亡之馆，赤壁(掌中之物)
剧情简介：意外的是门把上留下的指纹竟然是诸伏高明警官的部下，为找寻更多线索，大和刻意让柯南跟着高明警官去曾经住在别馆里的翠川尚树、山吹绍二、百濑卓人和直木司郎家进行询问，高明警官谎称在门把上检验出他们的指纹来观察他们的反应，不所料直木司郎听说了这件事之后神色紧张
611集 死亡之馆，赤壁(孔明之死)
剧情简介：大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三个嫌疑人展开询问，可是每个人都有不在案发现场的证明，与此同时，只身一人在公馆思考赤壁之谜的高明遭到了凶手的袭击，在失去意识之前他向大和传了一条“孔明之死”的讯息，当柯南他们赶到公馆后这里已是熊熊大火...
612集 死亡之馆，赤壁(空城计)
剧情简介：案件终于有了眉目，就在柯南和大和针对谜题展开讨论时，高明从昏迷中苏醒，三人一起计划了一出空城计。他们故意对三个嫌疑人放出关键信息，引诱他前去直木司郎家找重要的证据，果然不所料凶手暗中潜伏在直木司郎家附近。
三、犬伏城篇
622集 犬伏城 炎之魔犬(鬼火之章)
剧情简介：为调查真相柯南、服部等人赶往犬伏家，大家从养女幸姬的口中听说了犬伏家的祖先曾烧死狗的事情后，便一起前往祭奠这只狗的墓碑，没想到竟然亲眼目睹了养女佐纪从悬崖坠落的场景，柯南和服部立刻赶往现场并发现那里留下了一点一点持续燃烧的火脚印，难道说炎之魔犬真的存在？之后，在院子里照顾犬伏家柴犬的和叶和小兰竟然也遭到魔犬的攻击…
623集 犬伏城 炎之魔犬(足迹之章)
剧情简介：遭到魔犬追击的和叶和小兰赶紧跑到屋里躲起来，没过一会，魔犬就消失了踪影只留下一串火脚印，以此同时，从佐纪案发现场找到玻璃球的柯南等人也赶来宅邸，据和叶和小兰回忆她们当时不仅闻到了洋葱味还看到脚印在跳动，这时，养子知晃说起了美我子溺毙沼泽旁边的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼泽进行查看，没想到魔犬再次出现。
624集 犬伏城 炎之魔犬(公主之章)
剧情简介：柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹几人改名的事情，而在和叶子和小兰的闲聊中服部和柯南领悟到了魔犬的秘密正在这时裟臣婆婆却突然倒下。而在小兰和叶子的提示下小五郎推理出幸姬变是此次事件的犯人。而当众人来到小屋里寻找幸姬的时候，魔犬却突然出现！但当魔犬扑过来时众人发现魔犬其实只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。
四、降灵会密室篇
654集 降灵会W密室事件(第一个密室)
剧情简介：迷路的小五郎、柯南和小兰来到了一栋怪异的房子，在这里他们结识了雅原煌的影迷，为召唤一年前死于意外事故的偶像，这些人正准备举办降灵会，因为影迷俱乐部之间流传着小煌小姐诅咒的传闻甚至还发生了杀人事件，于是，大家企图通过降灵会来探究其原因。
655集 降灵会W密室事件(第二个密室)
剧情简介：就在所有人惊讶于晶子之死时，朴之木匆忙跑来说漫画家比良坂也死在了房间中，于是，小五郎、柯南等人急忙赶到现场，这又是一起密室杀人，诡异的是这个房间的门口堆满了被撕碎的小煌小姐的海报碎片，警方展开调查并对别墅里的所有人进行侦讯，八川谈到了泽南被杀的命案。
656集 降灵会W密室事件(密室开放)
剧情简介：看过泽南留下的死亡讯息后，柯南知道了凶手的真面目，但是在揭发真相之前必须要破解这两个密室杀人的手法，于是，他独自来到比良坂的死亡现场进行调查，并在这个房间内的花瓶上发现了海报碎片，这条关键的线索让他恍然大悟。
五、月光奏鸣曲篇
11集 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件(上集)
剧情简介：毛利小五郎被一个署名为麻生圭二的人邀请来到月影岛，打听之后得知此人十二年前就在贝多芬的《月光》曲中诡异死去，至今岛上还流传着关于钢琴诅咒的流言，因为前任村长就是死在钢琴旁。柯南等人来的当天，正赶上前任村长的法事，突然钢琴声响起，大家冲进琴房后，看到的是资产家川岛先生的尸体。
12集 钢琴协奏曲《月光》杀人事件(下集)
剧情简介：柯南注意到这些音符并将其解读，这时，当地的老警察说仓库里有麻生圭二留下来的乐谱，这种重要线索柯南自然不会放过，他和警察一起去找乐谱，而这期间，一直精神怪异的西本上吊死亡，脚下还留有遗书，柯南推断出这是他杀...
011 钢琴奏鸣曲月光杀人事件
052 雾天狗传说杀人事件
077 柯南VS怪盗基德
094 走投无路的名侦探！连续两大杀人事件
118 浪花连续杀人事件
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
162 飞天密室 工藤新一最初的事件
174 二十年的杀意 交响乐号连续杀人事件
184 诅咒假面的冷笑
208 通往迷宫的入口 巨大神像的愤怒
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城
304 震动警视厅 1200万名人质
342 豪斯登堡的新娘
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
356 怪盗基德的惊异空中步行
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔
479 和服部平次在一起的3天
487 本厅刑事恋爱物语8 左手的无名指
488 电视台的恶魔
489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官
490 服部平次VS工藤新一 滑雪场的推理对决
515 怪盗KID的瞬间移动魔术
516 风林火山 迷宫的铠甲武士
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真实身份 小兰的眼泪
除了特别篇 还有很多
077名门连续惨死事件
153 园子危险的夏日物语
166鸟取县蜘蛛公馆的怪事
190危命的复活
238大阪3K事件
266情人节的真实
286工藤新一纽约事件
291孤岛的公主与龙宫城
323一筹莫展的服部平次
325火焰中的红马
381谁的推理秀
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音
394怪屋大冒险
406柯南和平次的推理魔术
558 死亡之馆 赤壁
603 降灵会双重密室事件
610 被害者是工藤伸壹(和后面的犬伏城 炎之魔犬连在一起）
616 福尔摩斯的默示录
名侦探柯南VS鲁邦三世......
我不太记得电视上总播的了，只排除了一些本回答被提问者采纳
517 风林火山 阴和雷霆的对决
532 初恋的伤痕
533 呼唤过去的伤痕
534 新伤痕与吹口哨的男人
535 旧伤痕和刑警之魂
558 死亡之馆 赤壁(三顾之礼)
559 死亡之馆 赤壁(掌中物)
560 死亡之馆 赤壁(孔明之死)
561 死亡之馆 赤壁(空城计)