维新初期，由于明治政府的政策，使得武士的社会地位大幅下降；而随着俸禄渐次缩减，武士的经济上保障也被削弱。明治九年八月，政府断然实行“金禄公债”制度，彻底废除士族家禄。虽然士族们得到了一笔抵偿金，但大多数人特别是下层士族，都因不善经营而破产，最终沦为劳动力市场上待价而沽的赤贫者。
明治十年，维新三杰之一的西乡隆盛率领不满政府冷落武士的鹿儿岛士族发动叛乱，西乡败死之后，残余的士族成员转入地下活动，与板垣退助所主导的“民选议院设立运动”结合，透过“自由民权运动”的开展形成政治上的反对势力。（板垣退助也是维新元勋之一）
大久保利通作为内务卿，控制了明治政府的实权，后来随着大久保独裁体制建立，木户孝允受排挤，一度愤然下野，西南战争爆发后不久即病死于京都。 翌年（西南战争结束后）大久保于行路途中被刺，刺客据传是西乡的余党岛田一郎。至此，（后）维新三杰全部离世。
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