档案和户口不在一起没有弊端。因为档案与工作和组织有关系，户口直接与社保医保有关。个人档案和户口没有规定要放在一起，档案放在哪主要看工作情况来决定。当然，档案如果能放在单位或单位所在地是最好。
户口和工作关系不在一个地方的直接弊端是有很多受地方保护的优惠政策会享受不到，比如购房，子女上学，失业就业补贴，创业优惠，甚至购车，未知的险、税等等都会和户口直接关系。
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档案和户口不在一起的原因：
1、档案的形成者。档案是由官方机构、半官方机构、非官方机构以及一定的个人、家庭和家族形成的。
2、档案来源于文件。档案是由文件有条件地转化而来的，这里的“文件”是指广义文件，即一切由文字、图表、声像等形式形成的各种材料。档案和文件是同一事物在不同价值阶段的不同形态，两者具有同源性和阶段性的共性，也具有实效、功用、离合等个性差异。
从文件到档案是一个批判继承的辩证运动过程。从信息的内容和形式来说，两者完全相同的，但从时效、价值和系统性上来说，档案是对文件的不断扬弃。首先是时效性批判，档案是已经办理完毕的文件；其次是价值评判，档案是办理完毕的文件中具有保存价值的部分；
最后是系统性批判，档案是把分散状态的文件按一定逻辑规律整理而成的信息单元。因此，文件是档案的前身，档案是文件的归宿；文件是档案的基础，档案是文件的精华；文件是档案的素材，档案是文件的组合。
3、档案的形式多种多样。档案的形式包括载体、制作手段、表现方式等。从载体来看，有甲骨、金石、缣帛、简册、纸质、胶磁等；从制作手段来看，有刀刻、笔写、印刷、复制、摄影、录音、摄像等；从表现方式来看，有文字、图表、声像等。
4、档案的本质属性。档案具有历史再现性、知识性、信息性、政治性、文化性、社会性、教育性、价值性等特点，其中历史再现性为其本质属性，其他特点为其一般属性。因此，可将档案的定义简要地表述为：档案是再现历史真实面貌的原始文献。
参考资料来源：百度百科-档案
参考资料来源：百度百科-户口
参考资料来源：百度百科-户籍证明
档案与工作和组织有关系，户口直接与社保医保有关。
机关和事业单位必须要有档案存档，外资和私企可不必存档案。户口要放在工作单位所在地必须符合政策和有户口挂靠地方。
户口和工作关系不在一个地方的直接弊端是有很多受地方保护的优惠政策会享受不到，比如购房，子女上学，失业就业补贴，创业优惠，甚至购车，未知的险、税等等都会和户口直接关系。
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档案和户口的关系：
户口和档案是两码事，但是对于大学生来由于户口和档案都转到学校来了，所以毕业的时候就有个户口迁移的问题，也就是说户口和档案二者是在一起的。一般来讲户口将会有如下去向：
一、毕业生毕业前已有工作单位接收户口的，按照招生就业处的毕业生就业派遣名单将户口直接迁移至工作单位。
二、毕业生有工作单位而该单位不接收户口的（如外资企业、三资企业等），迁移至该单位所在城市人才交流中心。
三、毕业生在户口迁移后需改派的，在手续齐全和有效期内，经保卫科审批后可予以改迁。
四、毕业生在保留户口期间找到工作或找到落户地的，在手续齐全的情况下（公安机关出具的准予落户证明），可为其办理户口迁移手续。
五、未就业毕业生保留户口时间不超过一定年限（可能是两年），期满后将通知毕业生回校办理户口迁移，将其户口迁移至生源所在地。
签了毕业时的就业协议后，会得到派遣证和户口迁移证，这个时候把档案和户口迁过去。也就是档案会随着户口走。二者是在一起的。
参考资料来源： 百度百科-户籍证明
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个人档案和户口没有规定要放在一起，档案放在哪主要看个人的工作情况来决定。当然，档案如果能放在单位或单位所在地是最好，这样不容易丢失，也可以免去找人才中心挂靠的麻烦。
1、如果户口在工作地，那档案放在当地人才中心或单位，便于管理。
2、如果户口不在工作地，也不打算落户在工作地，那档案可选择放在户口地人才中心，这样就不用以后换单位需要转档案，当然不怕麻烦也可放在工作地人才中心或工作单位。
3、如果是大学生的话，要考虑转正定级是否容易办理，如放在单位所在地，则比较容易办理，如户口和单位所在地不同，则需要找户口地的人才中心挂靠，办理较为麻烦。
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国家对于毕业后尚未就业的大学生的档案，一般采取三种管理办法：
一、是把档案转至生源地，由所在地级市的人社局下属人才交流中心接收，并由个人去办理托管手续。这种方式比较适合准备在生源地范围内就业的毕业生和暂时不想就业的毕业生，优点是在生源地就业后办理手续简单方便，而缺点是两年内如离开生源地就业，需重新办理改派手续。
二、是把档案留在学校，待落实工作单位后，将户籍和档案迁至工作单位所在地，申请档案留校超过两年仍未落实工作的，学校将其档案和户口迁回生源地，学校不再为其发放就业报到证。
这种方式适合有就业愿望但尚未就业的毕业生，优点是学校诚信度较高，代为保管户口关系和档案不收取额外费用，其缺点是毕业生档案留校只是延长了择业期，与学校没有人事隶属关系，涉及人事关系的证明都不能出具。
三、是把档案转至就业代理或人才交流中心。这种方式比较适合准备考研、创业、灵活就业的毕业生，优点是易于毕业生解决一些实际问题，缺点是如果毕业生与指导中心交流相对少，则容易造成信息不畅。
参考资料来源:百度百科-户口
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