2000年12月8日，撤销莲西乡，划归莲塘镇（赣民字[2000]372号批复）。
2001年10月22日，撤销渡头乡，划归幽兰镇（赣民字[2001]482号批复）。200l年11月15日，撤销滁槎镇，划归尤口乡；撤销小蓝乡，划归莲塘镇；撤销新联乡，划归（不含创业、东阳、东方、东升、东风村委会）塘南镇；创业等5个村委会划归泾口乡（赣民字[2001]520号批复）。2001年12月10日，撤销尤口乡建制，设立镇建制并更名为昌东镇（赣民字[2001]581号批复）。
2004年底，全县辖11个镇、7个乡：莲塘镇、向塘镇、昌东镇、蒋巷镇、三江镇、幽兰镇、塘南镇、冈上镇、武阳镇、广福镇、麻丘镇、南新乡、塔城乡、泾口乡、八一乡、黄马乡、富山乡、东新乡。其中，昌东镇、麻丘镇委托南昌高新开发区管理。 南昌县属鄱阳湖平原地区。地势南高北低，呈缓慢倾斜状。隆起与下降，变化微小。除几条近南向北分布的带状、垄岗状局部低丘外，均较平坦。全境耕地面积占44.96%，水面占29.71%，草洲、洼地占6.51%，村庄、道路、圩堤占16.69%，山地占2.13%。
全境无山脉。总观地貌，东北为湖滨平原；中部为平原，在河床之间尚有一定面积的南北向分布的垄岗状阶地；东南部为低、残丘，近河分布有一定面积的冲积平原。全境平均海拔高度25米。南端平均50米以下，最高点白虎岭主峰181米；北端平均17米左右，最低点南新乡芦王村14.7米。 南昌县植物资源有200多种，传统树种有樟树、苦楝、马尾松等；特种经济林木有泡桐、水杉、茶等；药用植物已发现和利用的有麦冬、地黄、蔓荆子、生地、泽泻、薏米、菊花、黄介子、金银花、芡实等40多种，以蔓荆子、芡实为大宗。花卉有黑兰、君子兰、四季海棠、紫茉莉等名贵品种30种。著名的土特产主要有三江荸荠、三江萝卜腌菜、塔城豆豉、万舍大蒜、涂家洲韭菜、麻丘莲藕、小蓝芹菜等。
全县林业用地（含园林）约7.3万亩，占3%，全县动植物资源种类丰富，共有植物120余种，动物240余种，其中国家重点保护动物9种，以河豚、白头鹤最为珍贵。
