一谈到水体的富营养化，使人们常常想到总氮、总磷超标。诚然，总氮、总磷等营养盐是发生富营养化的必要条件。如果水体中总氮、总磷浓度很低，不可能发生富营养化。反之则不然，水体中总氮、总磷浓度的升高并不一定发生富营养化。富营养化的发生和发展是水体的整个环境系统出现失衡，导致某种优势藻类大量生长繁殖的过程。因此要研究富营养化的发生机理和发生条件，实质上需了解藻类生物诸多差异，会出现不同的富营养化表现症状，即出现不同的优势藻类种群，并连带出现各种不同类型的水生生物种类的失衡。但富营养化发生所必备的条件基本上是一样的，最主要的影响因素可以归纳为以下几个方面：
①总氮总磷等营养盐相对比较充足；
②铁，硅等含量比较适度；
③适宜的温度，光照条件和溶解氧含量；
④缓慢的水流流态，水体更新周期长。
只有在上述四方面条件都比较适宜的情况下，才会出现某种优势藻类“疯狂增长” 现象，发生富营养化。
食物链理论
这是由荷兰科学家马丁·肖顿于1997年6月在“磷酸盐技术研讨会”上提出的。
该理论认为，自然水域中存在水生食物链。如果浮游生物的数量减少或捕食能力降低，将使水藻生长量超过消耗量，平衡被打破，发生富营养化。该理论说明营养负荷的增加不是导致富营养化的唯一原因。
生命周期理论
这是近年来普遍为人们所接受的一种理论。
它认为，含氮和含磷的化合物过多排入水体，破坏了原有的生态平衡，引起藻类大量繁殖，过多的消耗水中的氧，使鱼类、浮游生物缺氧死亡，它们的尸体腐烂又造成水质污染。根据这一理论，氮磷的过量排放是造成富营养化的根本原因，藻类是富营养化的主体，它的生长速度直接影响水质状态。在合适的光照、温度、pH值、硅以及其它营养物质充分的条件下，植物的生长取决于外界供给它们养分最少的一种或两种，从藻类原C1o6H~0110N16P可以看出，生产1 kg藻类，需要消耗碳358 g，氢74 g，氧496 g，氮63g，磷9 g，显然氮磷是限制因子。因此，要想控制水体富营养化，必须控制水体中氮磷等营养盐的含量及其比例。
食物链理论和生命周期理论争论的焦点在于氮磷是否为引起富营养化的主要原因，目前这两种争论尚未有最后的定论。但从目前我国水体的富营养化状况来看，富营养化产生的原因主要是用后者(生命周期理论)来解释。
水体富营养化发生原因是多方面的。在水体富营养化日益严重的今天，富营养化成因的研究已经取得了一定的成果，但是对于该成因的研究还有待于进一步深入。到目前为止，还没有一套较成熟的理论能够在实际水体中用来预测富营养化发生；对于富营养化发生的各项指标还没有一个被广泛接受的严格量化的界定。因此，系统深入地开展水体富营养化发生原因的研究，对于有效地开展水体富营养化综合治理与防治具有重大的理论意义和实用价值。
长繁衍的过程。对于不同的水域，由于存在水域地理特性、自然气候条件、水生生态系统和污染特性等。
农田化肥
为促进植物生长，提高农产品的产量，人们常施用较多的氮肥和磷肥，它们极易在降雨或灌溉时发生流失。氮磷营养物的流失方式有：（1）随地表径流进入地面水体中；（2）下渗形成亚表面流（壤中流），通过土壤进行横向运动，然后排入地表水体中；（3）通过土壤层下渗到地下水中。前2种是导致地表水富营养化的主要原因。近年来的研究表明，磷能以溶解或吸附于土壤上的颗粒态形式通过土壤微孔结构运动下渗至亚表面流中，然后进入江、河、湖泊或海湾，而氮（硝酸盐氮）的渗透能力较强，能够下渗到地下水中污染地下水[3]。氮和磷在被土壤吸附与解吸过程中，其中一部分溶解于水中，另一部分则继续保持吸附态，在运动中甚至会随土壤颗粒沉积下来，成为湖、河或海底沉积物的一部分。沉淀在底泥中的污染物在流量、水温及微生物结构发生变化的情况下，可以通过再悬浮、溶解的方式返回水中，构成水源的二次污染。据调查，太湖底泥每年释放的总氮和总磷约占总负荷的25% ～35%[4]。
牲畜粪便
圈养家禽、家畜尤其是猪会产生大量富含营养物和细菌的排泄物，极易随地表径流、亚表面流流入江河、湖泊而污染水体。此外，农田中过量施用家畜粪便，也会引起粪便中的营养物随地表径流、亚表面流流失，从而污染水体。草原过度放牧，产生大量牲畜粪便滞留于草原上，造成营养物过剩，并破坏草原的植被覆盖；当降雨产生地表径流时，植被覆盖的破坏会加剧土壤、粪便的侵蚀，致使更多的营养物流失，加重污染。
污水灌溉
污水作为一种可靠的水源和廉价的肥料被用于灌溉农田，是污水农业利用的一种提倡方式，目的是通过土壤的净化作用和农作物对营养元素的吸收来净化污水。但由于一些污水中的营养物含量较高或技术原因，常常造成土壤和地表水的污染。据对37个污水灌区调查发现，有32个灌区水质不符合要求。
城镇地表径流
城镇路面大部分是不透水地面，氮磷营养物主要随地表径流进入地表水中。城镇中的氮磷营养物主要来自人类的生活垃圾、生活污水及和某些工商业废水（如屠宰、食品、造纸、停车场等）。美国环保局把城市地表径流列为导致全美河流和湖泊污染的第三大污染源[5]。
矿区地表径流
在磷矿区，由于人类活动，破坏了原来的土壤结构和植被面貌，使得土壤表层裸露，在降雨条件下，散落在矿区的矿渣、泥沙、磷酸盐等污染物将随地表径流进入湖泊、水库、江河、海湾，污染水体。
大气沉降
大气沉降不仅是悬浮颗粒物、有害气体的来源之一，也是氮的来源之一。燃料燃烧时，氮元素以氮氧化物的形式进入空气，随雨雪降落在土壤或水体表面，污染地表水源。
水体人工养殖
许多水体既是水源地，又是人工养殖的场所。随着养殖业的发展，人工投放的饵料以及鱼类的排泄物给水体带来了大量的氮磷。目前，国内湖库区人工养殖的饵料系数达3.0～4.0，成为水体富营养化的又一来源。
