日元兑换人民币的手续费收取方式会因不同的银行或机构而有所不同，一般会根据兑换金额和交易方式来计算。具体来说，手续费可能包括交易费、汇兑费、服务费等多个方面，需要根据实际情况来确定。
在进行兑换操作前，应该先了解清楚具体的费用情况。一些银行或机构可能会提供免费兑换服务，但是需要满足一定的条件或限制，比如兑换金额达到一定标准或者需要开通特定的账户等。
手续费的具体计算方式也可能会因不同的交易方式而有所不同。比如，如果是通过银行柜台进行兑换操作，可能会根据兑换金额和汇率来计算手续费；而如果是通过网上银行或手机银行等电子渠道进行兑换，可能会根据不同的操作方式和交易金额来收取不同的费用。
举例说明，如果一家银行对于日元兑换人民币的手续费收取标准是0.1%的交易费+0.05%的汇兑费，那么在进行一笔10000日元的兑换操作时，手续费就是10000*0.1%+10000*0.05%=15元人民币。
总的来说，日元兑换人民币的手续费收取方式需要根据不同的银行或机构和交易方式来确定，在进行兑换操作前应该了解清楚具体的费用情况。