宁波市城市管理局的内部机构设置旨在高效管理城市事务，其主要由九个职能处室组成：
办公室：负责综合协调机关政务，包括文秘、信息管理、档案保密、安全保卫、计算机网络建设和人大代表、政协委员议案的答复工作，以及后勤服务等。
组织人事处：负责组织协调和人事管理工作，包括机构编制、人员招录、社会治安综合治理、离退休干部管理、机构编制指导和党群工作等。
宣传教育处：负责精神文明建设和思想政治工作，包括系统宣传、新闻发布、职业教育和技术培训、创建文明行业和单位等。
行政审批处：负责市政、园林等领域的行政审批事项认定、审核和备案，以及市级立项项目配套设施验收工作，指导县区城市管理行政审批。
综合计划财务处：负责城市管理中长期规划和预算编制，监管经费使用，国有资产管理，审计，统计和设备管理科技工作。
城管一处：负责城市市政、绿化、环卫、河道管理和养护市场培育，指导大修工程和防汛防台工作。
城管二处：负责城市供水、节水、供气、供热等公用事业管理，包括市场培育、行业监管和应急预案编制等。
建设管理处：负责局属单位基础设施建设项目管理和安全质量监督，以及应急管理工作。
轨道交通工程管理处：参与轨道交通工程建设管理，负责安全质量监督、市场准入等具体事宜。
最后，机关党委负责局机关的党群工作。