增值税进项专用发票认证方式有以下三种：
1、税局认证
纳税人在收到增值税进项税发票后首先需要查看抵扣联(第一联)和发票联(第二联)是否齐全，核查开票的内容是否真实、正确，并检查是否有加盖单位发票专用章。
在检查无误后再带上抵扣联去税务局认证，由税务局工作人员将发票信息扫入系统，由系统自动进行比对。认证完成后，税务机关工作人员会归还抵扣联，并打印出一式两联的增值税发票认证结果清单和认证结果通知书，需要纳税人盖上放在窗口的认证专用章。
2、扫描仪认证
以下为扫描仪认证操作方式：
（1）纳税人将扫描仪接入电脑，连接网络，打开企业端软件，选择相应的扫描仪，进入系统；
（2）将待认证的抵扣联正确地放置在扫描仪上，点击【专用发票网上认证】或是【机动车/货运票网上认证】对相应的发票类型进行网上认证；
（3）进入网上认证页面后，点击【单张扫描】或【高速扫描】按钮，软件自动扫描发票图像并识别发票电子数据，扫描识别形成发票电子数据后，请对照抵扣联原件，核对电子数据。如有识别不准确的，依照抵扣联原件，通过键盘手工修改。
（4）点击【网上认证】再进行【实时认证】，对于返回结果为“认证通过”的，纳税人可进行下一步的下载打印通知书的操作；对于返回结果为“认证未通过”的，请仔细核对电子数据与抵扣联原件是否一致，如不一致，可能是扫描识别有误或手工录入有误，根据抵扣联原件校正电子数据后，再次进行传输认证；
（5）单击【通知书】选择要下载通知书的“所属月份”（默认为当月），单击“下载认证结果通知书”按钮。通知书下载完毕后，单击“打印通知书”按钮，打印认证结果通知书和认证结果清单。
3、网上勾选认证
本方式可认证抵扣的发票包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票。
（1）在电脑上插入税控盘，进入增值税发票认证平台，输入证书密码，点击登录（每次使用本系统时均需确保用于识别用户身份的金税盘或税控盘处于连接状态）；
（2）点击菜单【发票勾选】，选择开票起始结束日期，点击查询，会显示出未认证的发票；
（3）勾选并确认当期要认证的发票，点击保存；
（4）弹出勾选确认信息，再次确认金额税额有无错误，然后点击确认，再次弹出提示数据提交成功的对话框，再点击确认，勾选发票成功；
（5）如果发票数据量够多，则点击【批量勾选】，经过下载和筛选，最后点击上传，完成批量勾选处理；
（6）发票勾选完毕后，返回主界面，点击【确认勾选】菜单，页面自动跳转到确认勾选功能模块，确认标志勾选“已勾选未确认”，点击确认按钮确认。弹出发票确认汇总窗口，再次确认勾选金额税额是否正确，如正确点击提交即可；
（7）认证完后，过一段时间就能查到申报抵扣发票统计表。网上进行的进项认证在一个月内可以进行多次认证的，最后会统计起来。
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