航天飞机因为技术难度大、系统设计复杂、零部件更容易耗损。所以淘汰了。
航天飞机由于重复使用，因此其技术难度大、系统设计复杂、零部件更容易耗损，从起飞、上升、轨道运行，再入大气层直到返回着陆过程中，需要经受各类极度严酷的环境。航天飞机的弱点是在使用中逐渐暴露出来的，它的系统远不止将载人飞船和运载火箭两者单纯相加那么简单。
单次运行成本过高时，风险也不容忽视，发射频率从计划中的每年24次下降到5次。而航天飞机的事故率非常高，美国的5架航天飞机中，有2架在执行任务时候发生了爆炸、解体，有14位宇航员为此丧命。
而与火箭、飞船等一次性飞行器不同，航天飞机的火箭发动机需要多次重复使用，寿命期间的总工作时间累计长达数小时之久，这也为其执行任务带来安全隐患，所以航天飞机淘汰了。
航天飞机老化速度远超预期，飞行任务被迫大幅缩水：
在航天飞机的使用中，NASA发现同研制和发射费用一样，航天飞机的维护和运行费用也在直线飙升。比如1984年航天飞机一次飞行的花费为1.5-2亿美元，而在商业发射中可以得到的最高补偿仅为7100万美元。
最重要的是NASA发现，用航天飞机发射卫星，比使用火箭发射卫星的费用还要多。因此，1988年之后，NASA决定不再承揽商业载荷的发射任务，每年航天飞机飞行次数减为9次左右。按照计划美国的航天飞机寿命最多为20年，每架应飞行100次。
航天飞机的老化程度比预期的要快，尽管执行任务的次数比预期减少了近1/4，但航天飞机破损、老化加剧，每次的维修费用也非常昂贵。
特别是2003年哥伦比亚号航天飞机坠毁事故发生后，对防热瓦的检查费用增加了。而发现号自1984年首飞以来小状况频发，燃料箱隔热泡沫脱落、外部燃料箱的液态氢传输管泄露等，都导致每次执行任务前加强检查和维护，以至于任务一拖再拖。
对于航天飞机时代的结束，中国战略导弹与运载火箭技术专家、中国工程院院士龙乐豪认为，它意味着一个阶段的终止，但也意味着一个更高起点的开始。