当事人有摩托车驾驶证，驾驶没有牌照摩托车被查获。当事人车辆会被暂扣，事后当事人能出具车辆手续证件和号牌的，可以发还机动车给当事人，当事人会被罚款20--200元。当事人的驾驶证会被记12分。
根据《交通安全法》规定：
第九十条 机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者20元以上200元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
第九十五条 上道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌，未放置检验合格标志、保险标志，或者未随车携带行驶证、驾驶证的，公安机关交通管理部门应当扣留机动车，通知当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续，并可以依照本法第九十条的规定予以处罚。当事人提供相应的牌证、标志或者补办相应手续的，应当及时退还机动车。
故意遮挡、污损或者不按规定安装机动车号牌的，依照本法第九十条的规定予以处罚。
《道路交通安全违法行为记分分值》也有相关规定：
一、机动车驾驶人有下列违法行为之一，一次记12分：
（五）道路行驶的机动车未悬挂机动车号牌的，或者故意遮挡、污损、不按规定安装机动车号牌的。