植物传染病只有在以下 3方面因素具备时，才会流行：寄主的感病性较强，且大量栽培，密度较大；病原物的致病性较强，且数量较大；环境条件特别是气象土壤和耕作栽培条件有利于病原物的侵染、繁殖、传播和越冬，而不利于寄主的抗病性。如为生物介体传播的病害，则还需介体数量大或繁殖快。这些因素的强度或数量都各自在一定幅度内变化，从而导致流行程度的改变。其中的主导因素，就是能使流行程度变幅最大的因素。一般说，当作物品种和耕作栽培技术均无重大变化时，造成病害流行程度年间变动的主导因素往往是气象因素。如在较长时间（几十年间）中病害流行情况发生阶段性变化（如若干年份内由重到轻，其后若干年份又逐年增重），则主导因素多半在于品种更替或耕作制度的变革。
植物病害的大流行，大多是人为的生态平衡失调的结果。在原始森林和天然草原中，虽有多种病害经常零星发生，却很少有某种病害发展到毁灭性的流行程度。这是因为在自然生态系统中，多种植物交杂混生，互相隔离，植物的种间、种内异质性大大限制了病害的流行。再者由于天然屏障（海洋、高山、沙漠）的隔离，植物病害的地区扩展也很受局限。这样就使某种病原物与其寄主共存于同一地域，长期相互适应，达到了一定的动态平衡。就群体而言，寄主抗病性和病原物致病性大体上势均力敌。这种动态平衡是寄主和病原物长期共同进化的历史产物。然而农业生产活动则使这种生态平衡受到干扰。尤其是在现代农业中，不仅大面积种植的植物种类愈来愈少，而且品种的单一化、遗传的单一化以及抗病基因的单一化趋势愈益加强，寄主群体的遗传弹性愈来愈小。同时，密植、高水肥的农田环境加大了病害的流行潜能，新技术措施不断改变着植物病害的生态环境，引种和农产品贸易活动不断地将病原物引入新区（无病区）。在这样的情况下，就必然导致一些病害的流行波动幅度增大，流行频率增高，流行程度加重。
