港澳通行证在中国大陆里面丢失的，应该及时带上居民身份证到派出所办理挂失再到出入境部门重新申请办理补办的，而对于在旅途中丢失通行证，可以到当地相关旅行社咨询办理临时通行证回大陆。
港澳通行证丢失了补办流程：
1、先到出入境事务厅办理《遗失证件及报到通知书》；
2、在《遗失证件及报到通知书》的有效期内，提交符合《出入境证件相片照相指引》标准的申请人照片；
3、交验申请人居民身份证原件，申请人未满16周岁，也可交验居民户口簿，军人应交验军人身份证明。上述身份证件须留存复印件或者电子扫描图片；
4、按要求用银行卡付费，领取办证回执；
5、在回执上所示领证日期或之后凭本人身份证和回执领取。户籍地15个工作日，非户籍地须30个工作日。
法律依据：
《中国公民因私事往来香港地区或者澳门地区的暂行管理办法》
第二十三条
港澳同胞来内地后遗失港澳同胞回乡证，应向遗失地的市、县或者交通运输部门的公安机关报失，经公安机关调查属实，出具证明，由公安机关出入境管理部门签发一次有效的入出境通行证，凭证返回香港、澳门。港澳同胞无论在香港、澳门或者内地遗失港澳同胞回乡证，均可以按照本办法第十四条规定重新申请领取港澳同胞回乡证。
第二十四条
内地公民在前往香港·、澳门之前遗失前往港澳通行证·，往来港澳通行证的，应立即报告原发证机关，并由本人登报声明，经调查属实的，重新发给证件。
《中华人民共和国出境入境管理法》
第十条·中国公民往来内地与香港特别行政区、澳门特别行政区，中国公民往来大陆与台湾地区，应当依法申请办理通行证件，并遵守本法有关规定。具体管理办法由国务院规定。第十二条·中国公民有下列情形之一的，不准出境：
（一）未持有效出境入境证件或者拒绝、逃避接受边防检查的；
（二）被判处刑罚尚未执行完毕或者属于刑事案件被告人、犯罪嫌疑人的；
（三）有未了结的民事案件，人民法院决定不准出境的；
（四）因妨害国（边）境管理受到刑事处罚或者因非法出境、非法居留、非法就业被其他国家或者地区遣返，未满不准出境规定年限的；
（五）可能危害国家安全和利益，国务院有关主管部门决定不准出境的；
（六）法律、行政法规规定不准出境的其他情形。第十一条·中国公民出境入境，应当向出入境边防检查机关交验本人的护照或者其他旅行证件等出境入境证件，履行规定的手续，经查验准许，方可出境入境。
具备条件的口岸，出入境边防检查机关应当为中国公民出境入境提供专用通道等便利措施。·
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