医院现有1个国家重点专科，1个国家重点专科建设单位，2个省级重点专科，3个省级重点专科建设单位， 9个市级重点专科,1个市级重点专科建设单位。泰州市中医院许氏骨伤传统医术被列入江苏省非物质文化遗产名录。
肛肠科 肛肠科创立于1958年，为泰州市最早创立的肛肠专科，泰州市临床重点专科创建单位，是上海龙华医院肛肠病中心泰州分中心。科室设立单独的无痛肠镜室、便秘检查治疗室、中药熏洗间及示教室等。
针灸推拿科
泰州市中医院针灸推拿科是泰州市中医临床重点专科, 1958年建立于中医院成立之初，是医院最早的临床科室，也一直是当地最负盛名的针灸推拿科， 尤其是近20多年来，已建成具有一定规模...
儿科
泰州市中医院儿科是泰州市中医临床重点专科，集临床、教学、科研为一体；科室整体实力较强，技术水平较高，已形成明显中医特色，为泰州市区及周边地区儿童疾病诊治和健康提供了可靠的技术保证。
肿瘤科
泰州市中医院肿瘤科是泰州市临床重点科室，既具有祖国传统中医药学治疗特色，又拥有现代化的肿瘤诊断、治疗手段，技术力量雄厚、设备精良、技术先进、作风严谨、团结高效。
心血管病科
心血管病科成立于2001年，在医院各级领导的关心支持帮助下，全体医护 科研人员励精图治 艰苦创业 以临床医疗为核心 以科研为导向 以人才梯队建设为学科持续发展的支撑...
脾胃病科
脾胃病科为泰州市中医临床重点专科、江苏省“十二五”中医临床重点专科建设单位。科室中高级职称7人，硕士生导师1人，博士生1人，硕士研究生...
脑病科
泰州市重点临床专科、省级重点专科建设单位脑病中心，主任全亚萍主任中医师八五年毕业于南京中医药大学，为全国名老中医王玉玲后代，家学渊源
眼科
江苏省重点临床专科——眼科中心，主任王志军副主任中医师，从事眼科临床工作10多年。擅长中西医结合防治各种眼科疾病及白内障超声乳化手术，对近视眼及视网膜脱离有一定研究。
妇产科
泰州市重点临床专科妇产科，经过几十年的发展，因其良好的作风、精湛的医术、一流的服务、人性化的管理深得泰州市民的信任。妇产科王赛丽主任，从事妇产科工作近二十年，基本功扎实...
