主要原因有两点,一方面是因为太急于求成了,在刚上位还没有稳固好朝政就开始实行新政,所以因此也是失去了一批支持者,导致朱棣在攻打国都的时候有很多大臣选择投降;另一方面则是性格的差异了,朱棣是与朱元璋类似的性格,比较残暴,而朱允炆则是比较和善,可以说建文帝比较重文轻武,所以导致朱棣在进攻的时候找不到武将能用,因而才会在几年的时间里被打到国都。
建文帝可以说是自身的领导能力是非常弱的,而且在上位后没有先稳固好自己的位置,却听信于身边的大臣,立即实行新政,导致在一开始就先失去了一批支持者,而且在实行削藩的时候却没有一开始先对付朱棣,因为当时明王朝的藩王很多,其中唯有朱棣的势力最强,因此当时使用的政策则是侧重于先对付势力较弱的,从而给了朱棣招兵买马的机会,可以说一开始就先失了先机。
而且因为性格不同,可以说朱棣性格与朱元璋类似,朱元璋在临死的时候为了给后代铺路,都能把与自己的打江山的功臣杀死,可以想象朱棣的性格有多么猛烈了,而且建文帝比较重视文人,而轻武将,再加上当时朝廷里能够打战的武将基本都被朱元璋杀完了,所以导致朱棣在进攻的时候基本都难以抵挡。
在中国的历史上,可以说藩王与朝廷的对抗中基本成功的案例很少,但朱棣与建文帝间却恰恰相反,更多的则是性格方面导致的,若是建文帝性格比较强硬的话,或许结果或许会改变。