南京地铁移动支付支持银联闪付和支付宝扫码两种方式，两者在使用上存在一定差异。
对于银联闪付用户，他们只需持以“62”开头的银联IC卡直接刷卡过闸乘车。此外，他们还可以通过绑定银联卡的HuaweiPay、ApplePay、MiPay、SamsungPay银联手机闪付方式刷手机过闸乘车，无需打开任何应用，只需在传统刷卡区轻轻一挥即可快速过闸。
使用支付宝的乘客，需要在手机上打开“支付宝APP”，点击“付钱”，再选择“乘车码”，然后注册并成功领取“南京地铁电子卡”。之后，他们只需将“南京地铁电子卡”的二维码对准闸机橙黄色部分的扫码区，听到提示音后，闸机便会自动开门进站，出站操作类似。
以上是南京地铁移动支付的两种方式及其具体使用步骤。