1949年秋季，国民党军队撤离大陆后占据海南岛，琼崖纵队随即转入了保卫五指山核心根据地的反“清剿”斗争中。按照中共中央的指示，琼崖纵队在12月时，一方面动员岛民迎接解放军主力部队的到来，另一方面派出部分干部和船工船只，前往雷州半岛，协同渡海登陆兵团进行准备工作。
到了1950年3月和4月的早期，琼崖纵队成功地接应了第15兵团的两个加强营和两个加强团，他们通过多次偷渡登陆，为大规模渡海作战奠定了基础。4月16日，兵团主力发起了强渡登陆行动，琼崖纵队则全面负责接应和配合任务。17日，兵团主力成功登陆后，琼崖纵队立即协助主力部队进行琼北地区的围剿战和追击残敌，直至5月1日，整个海南岛宣告解放，此时琼崖纵队的总人数达到2.5万人。
解放海南后，琼崖纵队肩负起剿匪和保卫海防的重任。1950年7月，根据中南军区的命令，琼崖纵队改编为中国人民解放军海南军区，继续执行新的军事使命，巩固新生政权的稳定和安全。
琼崖纵队是中国共产党在海南岛领导的一支人民武装，是以1927年9月海南岛农民起义队伍为基础组建的。这支人民武装在土地革命战争、抗日战争和解放战争中经历了长期艰苦卓绝的斗争考验，创立了以五指山为中心的革命根据地。