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基础资产风险。基础资产风险是资产证券化风险源头。一旦基础资产受到市场和政策因素影响质量下降，风险将沿着交易链条，传播给投资者和利益性相关者。因此，应注重源头风险管理，及时披露基础资产信息，减少评级过程中的利益冲突，提高评级的准确性。
隔离风险。次贷危机的教训是银行过多投资于低质量资产支持证券，危机爆发后由于损失严重从而丧失了融资功能；而在失去资本市场融资渠道后又丧失了间接融资通道，进而投资减少、失业增加，消费大幅下降，危机从金融领域蔓延到实体经济。因此，应根据系统风险程度，合理确定资产证券化市场投资者范围，实行风险有效隔离和限定，实施分账管理。
不良资产证券化风险。不良贷款意味着极大的违约风险，不良资产证券化存在的道德风险也较大。不良资产的处理，需要高超技巧，必须有信用担保才能为市场投资者接受。具体来说，有明显风险的不良资产能否产生或者产生多大的现金流是不确定的，损失贷款由于不可能产生现金流因而不可能证券化，有可能进行证券化的是次级贷款和可疑贷款。在处理次级和可疑类贷款过程中会存在损失，如果通过账面价值处理真实出售后，银行不会承担损失，就不会花精力去处理有关问题，有时甚至会损害投资者的利益。因此，银行有动力掩盖不良资产资信状况和减少账面上的不良资产，转嫁损失。
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