据史书记载，花乡的历史可追溯到两千年以前。从汉到隋唐，从辽金到元，从明清到今天，花乡的历史源远流长。元《春明梦余录》载“今右安门外西南，泉源涌出，为草桥河，接连丰台，为京师养花之所，”明《帝京景物略》中这样描写“都人卖花担，每辰千百，撒入都门。”清《鸿雪因缘图》曰“丰台为养花之所——培养花木四时不绝”。“前后十八村，泉甘土沃，养花最盛，故居民多以养花为业。”这里的十八村，就是指草桥、黄土岗、樊家村一带。《旧都文物略》称“清代宫中陈列鲜花，对午一换，勒为定制”。著名现代作家姚雪垠的名著《李自成》一书中曾述有“刚从草桥端来的挂着露水珠的牡丹”的臻笔素描 。
新中国成立后，本地区进行了土地改革，1950年黄土岗村殷维臣建立了全乡第一个互助组，1953年对私人经营的50多家花场进行社会主义改造。1958年人民公社成立后，草桥、黄土岗、樊家村的三个花队和园艺队合并为园艺大队从事鲜花生产。
1955年12月，市委农村工作部总结白盆窑农业生产合作社的经验《白盆窑农业生产合作社是怎样办成高级社的》一文，被收入《中国农村的社会主义高潮》一书，并由毛主席亲自写了按语：“这是两个由两个互助组直接进入高级社形式，没有经过初级社形式的合作社，有些条件适合的地方可以这样做，白盆窑的情况使人看了高兴。其中有些经验初级社也可以吸取”。次年1月15日，在庆祝首都社会主义改造胜利大会上，白盆窑农业合作社社长李宗和在天安门城楼代表首都农民向党中央、毛主席报喜。当时这一地区的农业生产、花卉生产呈现一派蒸蒸日上的大好形势，成为京郊农业生产的亮点，常有国家领导人和外国友人到花乡参观。
1958年8月28日，在人民公社、大跃进运动中，本地区成立了政社合一的上游人民公社，下设四个大队39个生产队。1959年元月，上游人民公社改名为黄土岗人民公社。
党的十一届三中全会召开以后，1979年2月，丰台区率先在黄土岗公社进行联产承包责任制的试点。联产承包责任制的实施，极大地调动了广大农民群众的生产积极性，公社的经济得到迅速发展。1981年，黄土岗公社在全市范围内率先开始了“政社分开”的尝试，成立了党政企三套班子：党组织为“黄土岗人民公社党委”，政权组织为“黄土岗乡人民政府”，经济组织为“黄土岗人民公社”。
1982年年底，黄土岗公社党委对农村经济体制进行了突破性的改革，解体了原有的三级所有队为基础的体制，成立了黄土岗农工商联合公司，建立按专业联合的经营管理体制，原来公社下属的十二个大队和一个农场全部改为分公司，下设专业经营管理站，加快了向专业化、社会化和商品经济发展的步伐。
1987年5月，为了更好适应市场经济发展，提高本乡花卉的知名度，经市区批准，由黄土岗乡改名为花乡。
2007年12月，因乡政府地处城市建设用地征地范围，花乡机关迁至北京市丰台区黄土岗甲1号办公。
2009年花乡被丰台区确定为全市推进城乡一体化过程的试点乡镇之一。为了适应城市化过程中开展工作的需要，2010年6月，花乡设立花乡地区办事处，乡政府与地区办事处实行“一套人马、两块牌子”体制，地区办事处兼有城乡两种管理职能，统筹管理辖区内的农民和居民事务。
在历次农村体制变革的进程中，花乡从农业合作化、人民公社、家庭联产承包、政企分开、城乡一体化到农村集体经济产权制度改革，花乡一直是北京地区试点先行区域之一，为北京地区农村改革作出了重要率先示范作用。
