主要区别在于学制：全日制指全天候教学的体制；而非全日制指利用业余时间学习。
所谓的全日制通过国家统一组织的每年6月（原为7月）的统一高等院校入学考试,各高校通过省一级招办录取进入各高校就读而获得的学历。而非全日制就是除全国统招外，也就是常说的是社会在职学历。常见的非全日制学历有自考、电大、函授等。具体区别如下。
全日制高等教育
全日制是“全日制教育”的简称，指一种全天候教学的体制。每年6月（原为7月）通过国家统一组织的高等院校入学考试，各高校通过省一级招办录取进入各高校就读而获得的学历。
学生入学约两个月之后在高等教育网上能够查到学籍，如果不能查到学籍就不是普通高校全日制的学生。毕业的时候毕业证、学位证是国家教育部认可的，学习期间必须转档案，一般还需转户口关系等。全日制与非全日制是我国高等教育中存在的两种办学形式。
非全日制高等教育
除全国统招外，其他的学历都是非全日制，也就是常说的是社会在职学历，现在非全日制学历又被称为“五大学历”，即成人、自考、电大、函授、夜大，这五大学历又被称为“成人类教育学历”。
五大学历中认可度最高的是自考学历，成人教育从2007年开始95%都只有业余制，即便有的学校是以全天候的形式在学校学习，但是在教育部备案的都是成人教育（业余制），电大现在取消了地方电大，只有中央广播电视大学才能颁发学历，函授现在改为了网络教育，但在少量成人院校招生中在某些专业上写的也是函授；夜大现在基本上是和电大，网络教育来对等，基本上说就是晚上上课，这些学历当中可以说就只有自考是靠自己的实力去考，但这几年的漏题和辅导班的内幕以及所谓的什么小自考也损害了其名声，其他的基本上都是只要交钱就可以获得学历。
全日制与非全日制高等教育区别
1、毕业证书有所不同，非全日制和全日制毕业时，按照国家有关规定发给相应的、注明学习方式的毕业证书。也就是说选择非全日制研究生学习，毕业所获得的毕业证书标有“成人教育”字样。当然，非全日中的同等学历申硕只有学位，没有学历证书(单证)。
2、培养方案有所不同：全日制是脱产学习是，全日制授课，提供住宿，户口档案可转入学校;非全日制是脱产学习，集中上课，学校一般不提供住宿，户口档案不转入学校。
3、学费有所不同：全日制学费低，比较固定，而非全日制较高，或者变化比较大，比如社会助学学费标准就比较高。
4、招生对象有所不同：非全日制主要面向一定工作年限和经验的在职人员;全日制主要是面向应届高中毕业生。
5、学历社会认可度不同：现在很多单位招聘和公务员招考当中都不认可“五大学历”，因为报到时三证不全（即毕业证，学位证，就业报到证），毕业的时候毕业手续也很麻烦，尤其是学士学位证书，基本上都是隔上半年才有；也没有就业报到证，档案也出现了断档：A、比如没有高中学籍档案；B、比如档案没有连续性，像本科学历档案是由多份构成的，又不是统一送交合档，而普通高校的专升本学历档案是统一送交合档的，要把专科档案和本科档案合在一起，装在一个档案袋当中；C、没有毕业学习实习证明；D、档案中的毕业鉴定单位和毕业证的单位是不一样的，像自考毕业证上的院校和毕业鉴定院校常常不一致，容易让人怀疑其真实性，甚至现在发给考生档案的时候都没有封口，更让用人单位不敢接受），可以到人才市场存放档案，但都按照社会流动人员存放，其档案不纳入各地的人事档案管理系统。
尤其在公务员单位和事业单位中，先不要说录取几乎不可能，即便进去之后在未来的评级，评职称和公务员的晋升上面都有很大的问题，所以请大家慎重的选择这五大学历。