吴奇隆出生于中国台湾台北市,祖籍福建闽南,在家排行第二。小学时被柔道队老师选中参加校队,开始进行专业训练 。在新泰国中就读期间,吴奇隆连续三年获得全省中等学校运动会跆拳道冠军。并多次赴新加坡、泰国参加柔道、跆拳道邀请赛。16岁时,吴奇隆因比赛成绩被保送进入台中体育专科学校(现台湾体育运动大学),入选亚运会的储备选手。
1988年暑假,吴奇隆勤工俭学摆地摊期间,制作人童安格和“开丽”公司星探都注意到了他。吴奇隆在企划人员的再三邀请下,参加了“开丽”公司的征选。在正式面试时,吴奇隆在表演完舞蹈后,又表演了一个后空翻,并因此获得面试评审的关注。在通过面试以后,他进入了演艺圈。