索马里青年党的前身是“伊斯兰法院联盟”。1991年1月索马里的西亚德·巴雷政权倒台后，索马里局势持续动荡，并催生了包括“伊斯兰法院联盟”（下文称“联盟”）在内的大量武装派别。
2004年，信奉原教旨主义的宗教极端组织“联盟”成立并在短短两年内击败各派军阀，控制了索马里东部和南部大部分地区。该组织还宣称要建立包括邻国埃塞俄比亚和肯尼亚境内的索马里人聚居区在内的“大索马里”，让周边国家十分不安。
2006年底，埃塞俄比亚出兵索马里。
2007年，“联盟”被逐出了大部分占领区。“联盟”的失利导致内部分裂，坚持强硬路线的青年人从该组织中分离出来，组成索马里“青年党”，且实力不断壮大并一度占据索马里中部和南部的大部分地区。
2008年2月6日，索马里青年党在索马里海港城市博萨索实施爆炸袭击，造成近90人伤亡。同月26日，该组织被美国认定为恐怖组织。
2009年1月埃塞俄比亚从索马里撤军后，与海盗集团联手的索马里青年党趁势反扑，并在同虚弱不堪的索过渡政府对阵中屡屡得手。到2010年底，索马里青年党已控制了包括摩加迪沙（编注：该组织并未完全占领首都，过渡政府仍坚守着部分街区）、西部重镇拜达博、南部重要港口城市基斯马尤在内的索中南部大片国土。
2009年和2012年，该组织先后两次宣布效忠“基地”组织并接受其领导。目前该组织估计有4000至6000人。2015年11月，有证据显示该组织宣誓效忠“伊斯兰国”。
2011年，肯尼亚以北部旅游胜地频遭越境袭击为由，向邻国索马里出兵，在其他非盟国家部队夹击下，青年党节节败退，并撤出首都摩加迪沙。青年党武装人数达到7000-9000人，仅2011年通过非法征税获得近1亿美元收入。
索马里2012年9月组建新政府后，新政府在非洲联盟维和部队协助下，逐渐将索马里青年党武装逐出重要城市，致使其势力大减，不得不退入偏远地区。
此后，索马里青年党时常发动报复性袭击，并将袭击目标扩展至参与非盟维和部队的国家及其组织。除多次在肯尼亚境内制造严重恐怖袭击外，索马里青年党还袭击难民营，绑架、杀害国际援助人员，强占联合国机构和非政府组织财产及设备、袭击非盟军事基地等。
