学院设立控制理论与控制工程系、信息工程与自动化系、物流工程系。学院拥有“控制理论与控制工程”国家211工程重点学科、国家985工程三期重点建设学科、控制科学与工程“十五”、“十一五”和“十二五”重庆市重点建设学科、“控制科学与工程”博士后流动站、“控制理论与控制工程”专业工学博士学位授权点，以及控制科学与工程（0811）一级学科硕士学位授权点（下设的“控制理论与控制工程”、“模式识别与智能系统”、“检测技术与自动化装置”、“系统工程”、“导航制导与控制”五个二级学科具有工学硕士学位授权点）、“交通信息工程及控制”（082302）二级学科硕士学位授权点；在“先进制造”专业招收和培养工程博士；在控制工程、软件工程、物流工程和工业工程领域招收和培养工程硕士研究生；设有自动化和物流工程两个本科专业，其中自动化专业为重庆市优势特色专业。
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