天启七年秋八月，朱由校驾崩，信王朱由检即位。朱由检素来熟知魏忠贤的罪恶，自己深加戒备，魏忠贤的党羽开始恐惧了。杨所修、杨维垣先攻击崔呈秀以试探朱由检心意，主事陆澄原、钱元悫，员外郎史躬盛于是纷纷论奏魏忠贤。但朱由检隐而不发。
于是嘉兴贡生钱嘉征弹劾魏忠贤十大罪：一与皇帝并列，二蔑视皇后，三搬弄兵权，四无二祖列宗，五克削藩王封爵，六目无圣人，七滥加爵赏，八掩盖边功，九剥削百姓，十交通关节。
奏疏呈上后，朱由检召见魏忠贤，让内官读给他听。魏忠贤非常恐惧，急忙用重宝贿赂信邸的太监徐应元，求他解救。
徐应元是魏忠贤从前的赌友。朱由检知道这事，便斥责徐应元。十一月，便将魏忠贤发往凤阳安置，魏忠贤在去凤阳的途中，仍豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前去逮捕，押回北京审判。
李永贞得知消息，连忙派人密报魏忠贤。魏忠贤自知难逃一死，行到阜城时，听到后一项命令，便与同伙李朝钦在阜城南关客氏旅店痛饮至四更，最后一起上吊自杀。
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魏忠贤死后，朱由检诏令将魏忠贤肢解，悬头于河间府。将客氏鞭死于浣衣局。魏良卿、侯国兴、客光先等都被处死，并暴尸街头，还抄了他们的家。在抄客氏的家时，得八名宫女，大概想仿效吕不韦所为，所以人们尤其憎恨她。
崇祯二年二月，朱由检命大学士韩爌等人审定逆案，这才将魏忠贤的党羽尽数逐出，东林党人又得以进用。那些与逆案有关的人日夜图谋报复。
其后温体仁、薛国观之辈相继执政，他们暗中排挤正直人士，为翻逆案做准备。朱由检也厌恶廷臣结党营私，于是又委任宦官，而逆案中的阮大铖等人终于肆毒于江左，直到灭亡。
朱由检继位后，打击惩治阉党，治魏忠贤十大罪，命逮捕法办，自缢而亡，其余党亦被肃清。在举办登基大典的前几天，魏忠贤为了达到自己的杀掉朱由检的目的，但是又不能够从明面上去杀害，于是派人给朱由检平日的饮水里面下了毒。
按照规矩，朱由检在登基的前几天是不能够随意走动的，饮水方面也是由专人供给，魏忠贤正是利用了这一点，但让他想不到的是，朱由检此人心思缜密，早就看破了魏忠贤的伎俩，滴水不沾。因为崇祯和魏忠贤始终没有在明面上剑拔弩张。
抓到魏忠贤后，崇祯怕留下误杀大臣的口舌，于是选择了将其返送回乡。但回乡路上的魏忠贤，却还是不安分，多方去筹集的银两，准备东山再起。这件事情，很快就传到了崇祯耳朵里，这下子可有理由除掉魏忠贤了，下令让自己身边的亲卫，在魏忠贤回乡的路途上干掉他。
魏忠贤自己也觉察到了，知道自己活不了几天了，与其被人杀死，还不如自己自尽，就这样，一代奸臣魏忠贤自尽在了回乡的路上。
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魏忠贤少时家境贫穷，混迹于街头，不识字，但却懂得射箭与骑马，喜欢赌博，迷恋酒色，魏忠贤经常和一群恶少年赌博，有次，他赌博大输后感到很苦恼，便恨而自宫，改姓名叫李进忠，因早与宫中太监熟识通融，谣传因此未净全身，仍有一粒睾丸。
后来又改回原姓，得皇帝赐名为魏忠贤。魏忠贤自万历年间被选入宫，隶属于太监孙暹，靠巴结他进入了甲字库。他又请求做皇长孙的母亲王才人的典膳，巴结上了魏朝。魏朝多次向王安称赞魏忠贤，王安也就善待他。
长孙的乳母叫客氏，一向私下服侍魏朝，这就是所谓的对食关系，到魏忠贤进宫后，客氏又与他勾通，客氏于是冷遇魏朝而喜爱魏忠贤，两人结成了很深的关系。
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2. 途中豢养一批亡命之徒，朱由检闻悉后大怒，命锦衣卫前往逮捕，押回京师。
3. 魏忠贤抵达阜城，得知朱由检逮捕他的命令已到，在南行孤店中自缢而亡，身边侍从秉承他的遗意，将他鞭打百余下，分割尸身。
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