1、第1集：云霄飞车杀人事件
解决了诸多疑难案件的高中生侦探工藤新一，在和毛利兰一起去游乐园约会时，在云霄飞车上被卷入了杀人事件。
他用超群的推理能力解决了案件，却遇见了乘客中形迹可疑的黑衣男子接收现金的现场。他想要取得现场的证据，不料被人从背后袭击，失去了意识，柯南从此变小。
2、第11集：钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件
柯南一行人被神秘委托人叫到伊豆的小岛——月影岛。已知委托人是12年前弹奏钢琴奏鸣曲《月光》时死亡的知名钢琴家。
在为了调查神秘委托人而前往的公民馆正进行前村长的法事，就在这期间，伴随着《月光》的第一乐章，村里的资本家被杀害，以此为开端，杀人案接二连三地发生。
3、第25集：真假人质绑票案
小兰的同学直子被绑架，赎金的交接在码头进行，绑架犯的车在逃跑途中载着直子掉进海中。可是，被打捞上来的汽车上没有直子和犯人的身影。
此后，柯南得知在案件发生当天，在码头对岸有一艘可疑的游艇，柯南认为直子还活着，开始进行推理。
1、魔术爱好者杀人事件 132～134集【拆分版136集-137集】
看点：暴雪山庄中发生的惨案！怪盗基德竟然化身成了那个人。
故事概要：园子在互联网上加入的“魔术爱好者联盟”的集会在雪山中的小木屋举行。小兰也和园子一起参加了，小五郎和柯南乘车送了两个人。在回家的路上，柯南在车内广播的新闻中得知小兰参加的聚会的组织者在自己家里被杀了，急忙返回了小木屋。
这个故事是由网络上的诽谤中伤引起的案件，在20年过后的今天来看，依旧有着教育意义。
2、福尔摩斯默示录616～621集【拆分版667集-672集】
看点：推理舞台来到了福尔摩斯的主场伦敦！新一和小兰的伦敦恋爱故事！
故事概要：柯南、小五郎和小兰在咖啡店波洛的时候，一只猫走了进来。 猫的主人戴安娜出现了，她感谢小五郎找到了这只猫。 戴安娜是一个推理迷，她发现小五郎是一名侦探，就邀请他们到她在英国伦敦的家。 柯南和他的朋友们决定去伦敦度四天假。
没有护照的柯南吃了哀给他的药丸，暂时恢复成工藤新一，然后和阿笠博士一起坐飞机，在机场与小五郎和小兰汇合，准备开始愉快的英国之行。
期间遇到了著名网球选手格拉斯的弟弟阿波罗，柯南以福尔摩斯徒弟的身份从他的口中得知有一名可疑男子给了他一张奇怪的字条，并告诉他将有人死在他的面前，这个男子的目的是什么？字条的内容又有何含义？
3、人鱼消失记 222～224集【拆分版241集-243集】
看点：不老不死长寿婆背后悲惨的真相！和叶和平次之间的故事也值得一看。
平次拜托小五郎他们到一个美国岛的小岛去，那里又叫做人鱼栖息的小岛。委托人请求平次救救人鱼。一向现实的柯南不禁翻起了白眼，平次解释说虽然信是写给他的，可是里面的署名却是工藤新一。
岛上正好举办人鱼庆典，，柯南一行人居然真的在岛上遇到了超过150岁的长寿婆！由长寿婆决定三根人鱼之箭的归属，据说谁得到此箭就会长寿。可是就在这时案件又发生了！这集里面还有关于黑衣组织的伏线，看的时候一定要留意！
4、二十年后的杀机 交响乐号连续杀人事件 174集【拆分版185集-188集】
看点：柯南平次的携手推理！他们能在犯罪时效过期前抓到犯人吗？
故事概要：参加猜谜活动的柯南等人，获得了豪华游轮之旅，乘客还有8人。同行人中还有服部平次和小五郎的前辈原警视鲛崎。鲛崎知道有和20年前抢劫现金事件的主犯叶才三同名的乘客，很是兴奋。但是，那个时候，在紧急用绳梯的箱子里发现了乘客之一——蟹江的烧死尸体。
5、名侦探齐聚一堂！工藤新一VS怪盗基德 219集【拆分版235集-238集】
看点：与魔术快斗的合作剧集！柯南幕后大boss的出现！豪华的声优阵容也值得注意。
小五郎、小兰、柯南被邀请参加“黄昏别馆”晚餐会，除小五郎外，还邀请了5位名侦探。可是在豪华的别墅中，上演起了如同无人生还的剧情，侦探接连被杀！柯南追查别馆之谜与暗示怪盗基德出现了的招待者。
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