第1集：旅行开始，从双叶镇到真沙镇 （小光登场，小刚归队）
第2集：寻找皮卡丘！202号道路！ ！（小智收服胖胖翁，小次郎得到捕虫草）
第3集：对战劲敌 三对三 ！（小光加入）
第4集：圆企鹅对战蔷薇花苞 小光的初次战斗！
第5集：收服嫩苗龟（小智收服嫩苗龟）
第6集：迷惑之森，与真嗣的再度相遇
第7集：圆企鹅加油！
第8集：谜之道馆的毒蟾斗士！ （小刚收服毒蟾斗士）
第9集：和卷耳兔一起玩 （小光收服卷耳兔）
第10集：小精灵手表入手困难
第11集：小光！华丽大赛初登场
第12集：华丽大赛战斗!劲敌对决!
第13集：胖胖翁加油! (小智的胖胖翁进化成卷毛翁)
第14集：一切交给小刚吧!
第15集：黑铁道馆!平田对战真嗣!
第16集：头盖龙VS皮卡丘!
第17集：古代小精灵大进击!
第18集：再战黑铁道馆!决战暴槌龙
第19集：收服电栗松没问题? (小光收服电栗松）
第20集：小精灵猎人J ！
第21集：最强的鲤鱼王与最美的笨笨鱼!
第22集：电栗松VS长尾猴!
第23集：爆走大钢蛇，守护大牙狸之村!
第24集：小智对抗皮卡丘!?
第25集：怪杰假面蔷薇与花传说!
第26集：小精灵华丽大赛，索诺大会!
第27集：决战，圆企鹅对王子企鹅!
第28集：鬼飘飘与北风的使者!
第29集：小智与小光，双人合作赛没问题!?
第30集：白岱之森，蓑衣虫进化作战!
第31集：嫩苗龟对嫩苗龟！速度对决!
第32集：琥珀之城的女皇蜂!
第33集：小精灵变装大会 (小刚得到蛋)
第34集：叉尾浮鼬!通向最强的道路 （小光收服叉尾浮鼬）
第35集：四大天王五洋与古钟图腾!
第36集：新奥时空传说!
第37集：白岱会馆！对战菜子!
第38集：高速自行车道上的伟大诞生!! (小刚的蛋孵化成粉红蛋)
第39集：皮卡丘在看家？！
第40集：冠军希罗娜登场
第41集：小光与小希与双人表演
第42集：落雷兽训练中心！
第43集：梦巫！从恶梦中逃脱！！
第44集：帮助迷路的沼泽河马！
第45集：猎人J再次登场！守护盾甲龙
第46集：迷路曳行！全员紧绷！
第47集：美留与凯西与水之底！
总集篇：小智与小光！迎向新的冒险！！
第48集：小精灵华丽大赛！因缘大会！！
第49集：全员参加！双人合作赛！！
第50集：小火猴VS猫鼬斩！命运之战！！
第51集：双人合作赛！决胜战！！
第52集：小火猴之泪！ （收服小火猴）
第53集：菜子与沙漠奈亚！再见是为了谁！
第54集：长尾猴与叉尾浮鼬！各自的道路！！（小光的叉尾浮鼬和小智的长尾猴交换）
第55集：御灵石的楔石！
第56集：呆水狸知道了！！
第57集：大磁鼻！热血之魂！
第58集：雷电狮的眼睛！
第59集：随镇遗迹的未知图腾！(小光的长尾猴进化成双尾小子)
第60集：宠物小精灵华丽大赛！随镇大会!!
第61集：宠物小精灵华丽大赛，随镇大会
第62集：女仆咖啡店的大奶罐
第63集：小山猪三只组与温泉蒸气对战
第64集：滑翔钳蝎与天蝎（收服天蝎）
第65集：电栗松在沙河马里
第66集：路卡利奥，愤怒的波导弹
第67集：小光初次挑战道馆战！
第68集：户张道馆！路卡利奥VS叉尾浮鼬！
第69集：时髦的打扮！名叫银河队!
第70集：振作起来 铃铃铛!
第71集：宠物小精灵护林员！波导的利奥尔！（前篇）
第72集：宠物小精灵护林员！波导的利奥尔！（后篇）
第73集：再见了 毒粉蝶！
第74集：皮卡丘！雷丘！通向进化的道路！！
第75集：华丽大赛尊者·米库利登场！！
第76集：七星级餐厅！以联协战斗享受豪华宴席！！
第77集：强敌云集！米库利杯！！
第78集：激斗！各自的劲敌！！
第79集：决战！小光对小遥！！
第80集：阳阳玛！收服作战！！
第81集：灼热的小火猴！
第82集：野濑大湿原的毒蟾斗士庆典！？
第83集：野濑会馆！VS Maximum假面！！
第84集：里山先生家的大食客小山猪！(小光收服小山猪)
第85集：天蝎！友情之翼!!(小智的天蝎进化成滑翔钳蝎)
第86集：因缘时装系列发布会！通往小精灵造型师之路！！
第87集：挡路的可达鸭！(7月17日暂停播映，播放2007年剧场版《宠物小精灵剧场版10－迪亚鲁加VS帕鲁奇亚VS达库莱伊》,7月24日播映）
第88集：宠物小精灵夏日学校课程!
第89集：研究发表『湖之传说』！
第90集：放学后是幽灵时间！
第91集：最后的大胜负！宠物小精灵铁人三项！！
第92集：回归原点的火箭队！？
第93集：跳的拳击练习场领导人！梅丽莎登场！
第94集：电栗鼠发烧了! 两人来看护!?
第95集：小精灵华丽大赛－神巫大会！
第96集：银河团的袭击！！(前篇）
第97集：银河团的袭击！！(后篇）
第98集：漂浮的未知怪物！？
第99集：四天王阿柳！相会与离别之森！
第100集：草苗龟、树林龟…然后土台龟！（小智的树苗龟进化为树林龟）
第101集：劲敌训练家·阿顺登场！！
第102集：缘之道馆战！对抗梅丽莎！！
第103集：混战混乱 水脉市！
第104集：克雷色利亚对抗达克莱伊！
第105集：羊羹与洛托姆！
第106集：与神奇宝贝友好相处之道！？
第107集：战槌龙对抗护城龙！！
第108集：水脉道馆战！钢铁的对战！！
第109集：阿玄与路卡利欧！
第110集：钢铁岛的遗迹！
皮卡丘 － 小智最初的伙伴，具有顽强的性格，不愿意进入神奇宝贝球也不愿进化，起初与小智并不友好，在与烈雀的战斗中和小智建立了坚不可摧的友情。在皮卡丘离开小智的时候，它就负责起照看其他神奇宝贝的任务。除了小智一行人的神奇宝贝外，最要好的朋友就是一对皮丘。最初在EP001中出现。绝招：电击、十万伏特、打雷、电光一闪、铁尾、高速移动,高压电击
比比鸟 → 比雕 － 在EP003中，小智收服的第二只神奇宝贝，在关东地区的旅行中，比比鸟参加了一系列的道馆和联盟的比赛。EP082中，它为了保护常磐森林的波波和比比鸟进化成了比雕，并打败烈雀与大嘴雀群，并离开小智。绝招：烈暴风、飞沙脚、啄、翅膀攻击、旋风、电光一闪、旋转。
绿毛虫 → 铁甲蛹 → 巴大蝴 － 在EP003时，小智第一个收服的神奇宝贝。它喜欢小霞，但小霞却讨厌虫。在阻止火箭队的袭击中，它进化成了铁甲蛹。很快在EP004打败大针锋后进化成了巴大蝴。在EP021中，它与一只粉色的雌性巴大蝴邂逅，并离开了小智。绝招：冲击、吐丝、硬梆梆、睡眠粉、麻痹粉、旋风。
妙蛙种子 － 小智在EP010中得到的神奇宝贝，是继皮卡丘后在小智手上最久的神奇宝贝。在不思议花园中，妙蛙种子拒绝了进化。在EP226中，妙蛙种子回到了真新镇成为维持周边神奇宝贝和谐相处的守护者。妙蛙种子获得过草系神奇宝贝锦标大会亚军。之后更曾参加城都联盟和对战开拓区的比赛。顺带一提的是,妙娃种子是唯一曾在芳缘地区出现过的神奇宝贝。绝招：冲击、寄生种子、藤鞭、飞叶快刀、睡眠粉、阳光烈焰，挖地洞
小火龙 → 火恐龙 → 喷火龙 － 小火龙本是被另一位训练家抛弃的神奇宝贝，EP011中小智在雨中搭救使得小火龙最终加入了小智的队伍，在 EP042中打败椰蛋树军团后进化为火恐龙。进化后，火恐龙开始有些不听话，在EP045中，为了从化石神奇宝贝中救出小智，火恐龙进化成了喷火龙与化石翼龙战斗。随后喷火龙便不再听从小智，并因此使小智在神奇宝贝联盟石英大会的八分之一决赛时输给了阿弘。在橘子群岛曾经被冰冻，小智的悉心照料终于感动了喷火龙。喷火龙也成为了小智的主力。在EP135中，为了让喷火龙更好的修行，小智将它留在了喷火龙山谷。其后在烟墨道馆快暴龙暴走事件、城都联盟白银大会、对战工厂的比赛和对战金字塔的比赛中，喷火龙都有出现，并发挥了重要作用。绝招：喷射火焰、地球上投、龙之怒、旋风、愤怒、龙吸、火箭头槌、火焰漩涡、重击、瞪眼、燃烧殆尽、钢之翼。
杰尼龟 － 它本是在枯叶市附近制造麻烦的杰尼龟军团之首，在EP012中被小智收服。以它为首杰尼龟消防队曾经制造过许多麻烦，后来从良成为杰尼龟消防队。在EP148的神奇宝贝消防大赛中，遇上杰尼龟消防队，之后便返回队中。之后曾经回来参加城都联盟和对战开拓区的比赛。绝招：冲击、水枪、泡沫光线、缩壳、火箭头槌、水炮。
大钳蟹 → 巨钳蟹 － 小智在EP013收服的第七只神奇宝贝，一收服就被传送回大木博士研究所，个头要比小茂的大钳蟹小得多。在EP076中因打倒多武的椰蛋树进化成为巨钳蟹，与大木博士的感情似乎比小智还要好,可能因为小智比较少用它,只用过三次。绝招：瞪眼、泡泡、剪断、践踏、破坏死光、螃蟹拳、硬梆梆、水枪
拉达 － EP015中，小智参加了圣安奴号上举办的大会，并将巴大蝴与一个训练家的拉达交换，后来小智又换回巴大蝴。绝招：愤怒门牙。
火爆猴 － EP025，小智遇到它还是一只猴怪，为了追回帽子，小智与它战斗，并收服了它。火爆猴起初并不听从小智的命令。在EP029的P1杯格斗大赛中，小智对火爆猴的救助最终感动了他。后来小智决定让它留下来接受训练，成为真正的P1冠军。绝招：百万吨飞腿、手刀、地球上投、疯狂乱抓、搔痒、横冲直撞。
臭臭泥 － 在EP030之前是破坏发电厂的臭泥首领。小智收服它后，经常和大木博士及其他人黏在一起。喜欢压住其他人和神奇宝贝。绝招：泰山压顶、臭泥炸弹、拍击。
肯泰罗(30只) － 在EP035中野生原野区收服的神奇宝贝，喜欢快速奔跑。参加过橘子联盟、城都联盟与对战开拓区的比赛。绝招：角撞、地震、猛撞、地裂、影分身。
乘龙 － EP085中，小智为了拯救它并使他和家人团聚而收服了它。乘龙帮助小智一行人在橘子群岛间旅行，并参加了道馆赛和橘子联盟胜利者杯的比赛。 EP114中，小智将它送回了家人身边。在城都联盟的旅行中，小智又一次遇到了乘龙,现在已成为乘龙群的队长。绝招：水枪、急冻光线、冲浪、泰山压顶。
卡比兽 － 小智在EP095中收服的大胃王，非常特别，是一只懂得游泳（而且是蝶泳），而且速度亦比同类快的卡比兽。在橘子联盟决赛之前，卡比兽一睡不起，结果小智将它跟一只肯泰罗交换，往后就留在了大木研究所。后来它参加过城都地区的神奇宝贝相扑大会，并获得优胜，结果一下子吃光了奖品一年的食物。后来卡比兽还参加过城都联盟道馆比赛及白银大会和挑战对战开拓区的比赛。绝招：睡觉、铁头功、急冻拳、百万吨拳击、破坏死光、冲击、泰山压顶。
赫拉克罗斯 － 小智在EP120收服的神奇宝贝，喜欢吸食树枝和妙娃种子身上树汁，多次参加道馆赛和联盟比赛，之后在EP147中因为小智要参加肯泰罗对打大赛而被传送回大木博士研究所中。后来还参加对战开拓区的比赛。绝招：角撞、疯狂攻击、忍耐、冲击、猛撞、兆幅音频、闪光。
菊草叶 → 月桂叶 － 在EP127小智收服的神奇宝贝，它喜欢小智，并妒忌皮卡丘总是能够生活在神奇表神奇宝贝球以外。在EP201中逃脱火箭队后进化成了月桂叶。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：飞叶快刀、藤鞭、泰山压顶、甜气、冲击。
火球鼠 － 在EP142中与另一名训练家比赛后，小智收服的火球鼠。刚开始的时候，火球鼠的火焰技能锻炼地并不好。在前往芳缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：冲击、电光一闪、烟幕、高速星星、高速移动、喷射火焰。
小锯鳄 － 在EP152中，小智与小霞同时扔出了诱饵球收服了一只小锯鳄，小智通过神奇宝贝战斗战胜小霞得到了小锯鳄。它十分喜欢跳舞，而且他的跳舞有助于战斗。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：水枪、鬼脸、咬咬、火箭头槌、铁头功、劈开。
猫头夜鹰 － 在EP155中收服的神奇宝贝，具有异样的颜色，是罕见的色违神奇宝贝，智商非常高，小智收服它时已经十分吃力。在前往丰缘时小智将它留在了大木研究所。绝招：催眠术、念力、冲击、啄、看破、烈暴风。
大针蜂 － EP162中，小智参加了自然公园捕虫大会收服的神奇宝贝，捕虫大会结束后，小智将它送给了奈奈。
金鱼王 － 在EP169小智参加金鱼王钓鱼战斗中临时拥有。
小小象 → 顿甲 － 在EP229的神奇宝贝劲速赛获得优胜后，小智得到了小小象的蛋，它十分喜欢玩耍。前往芳缘地方时，小智将它留在了大木博士的研究所。在对战开拓区的旅行中，小小象又回到了小智的队伍。AG153中为了从火箭队手里救出皮卡丘进化成为顿甲，并成为打败对战设施的重要力量，在前往新奥地区时小智再度将它留在了大木研究所。绝招：滚动、猛撞、秘密力量、破坏死光、地震、防卫卷。
麻燕(傲骨燕) → 大王燕 － 原先是傲骨燕群的首领，AG004中偷走小智一行人的食物并与小智战斗，最终被小智收服。在AG080的神奇圆环比赛中进化成大王燕并取得优胜，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。绝招：啄、回转攻、翅膀攻击、电光一闪、影分身，电光火石
草青蛙(木守宫)→ 森林蜥蜴 → 蜥蜴王 － 原先是巨大树上生活的一群木守宫之一，AG007中小智与它一同保护巨大树并与它战斗，后来将它收服。它有些叛逆，且总是嘴里叼着一个树枝。在AG066与吼爆弹的战斗中它进化成为森林蜥蜴。进化后它喜欢独自静静地坐在一个地方。AG160中保护喜爱的大菊花时进化成为蜥蜴王，而后丧失了一切技能。在恢复后，蜥蜴王变得十分强大，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。绝招：拍击、电光一闪、种子机关枪、叩打、刀叶、阳光烈焰。
龙虾小兵 － AG032中以海边的捣蛋鬼登场，在小智发现并与之战斗后收服了它。龙虾小兵很有个性，并有一点嫉妒之心，在前往新奥地区时小智将它留在了大木研究所。绝招：螃蟹拳、泡沫光线、泡泡、硬梆梆、挖地洞、剪断。
煤炭龟 － 在AG058中，煤炭龟被一群钢系神奇宝贝袭击，小智指导他打败了钢系神奇宝贝。煤炭龟无论是高兴还是悲伤总喜欢大哭。在AG132中小智将它留在了大木博士的研究所。绝招：喷射火焰、铁壁、重击、泰山压顶、燃烧殆尽。
雪童子 → 冰鬼护 － 在AG108中，伊扎贝岛的一只雪童子偷走了小智的徽章盒，在暴风雪中小智拼命保护雪童子，后来加入了小智的队伍。小智不断训练它急冻光线，在AG122的一次训练成功后，它进化成为冰鬼护。在AG132中，小智将它留在了大木博士的研究所休息。绝招：冰结之风、急冻光线、影分身、铁头功、细雪。
长尾猴 － 在AG178中偷走了小智的帽子与小遥的缎带纪念勋章盒，后来上演了多次恶作剧。在AG181中被小智收服。在AG191中，它决定跟随小智去神奥地方。在DP055中，由于喜欢华丽大赛而和喜欢神奇宝贝对战的叉尾浮鼬进行交换，给了小光。绝招：迅星、气合拳、影分身、集中猛击、双重攻击。
胖胖翁 —卷毛翁－ 在DP002中首度出现，在寻找皮卡丘的时候，长尾怪手意外伤害了一只姆克儿，因此愤怒的胖胖翁袭击了长尾猴。被小智收服后，它也加入了寻找皮卡丘的行列。 DP013中， 胖胖翁保护了森林中的飞行神奇宝贝，进化成了卷毛翁。绝招：电光一闪，燕返，烈暴风，翅膀攻击，英勇之鸟
嫩苗龟-在DP005中首度出现,一开始皮卡丘就被火箭队给抓走了，小智在追赶途中不慎出现意外.而一只嫩苗龟救了皮卡丘. 另一面,小智被雪野救了,从她口中知道了嫩苗龟的事情,觉得这只嫩苗龟可爱与实力并存,皮卡丘回来的时候,小智在雪野的提议下收服了草苗龟.绝招：啃咬，光合作用，撞击，飞叶快刀，能量球
小火猴-原本是真嗣的神奇宝贝。在DP050中,小智和真嗣建立起搭档关系分别使用皮卡丘和小火猴参加双人合作赛大会。在DP051中，小智和真嗣晋级了半决赛，可是，小火猴的战斗状态却怎么也调整不好，面对这种状况，真嗣竟然将小火猴放生！见此状况，目睹了一切的小智说着『一起旅行变强吧』，将小火猴收服了。在DP052的总决赛，小智用小火猴参赛并获胜，得到安逸铃铛。绝招:火花、火焰车、喷射火焰、挖洞、搔痒。
叉尾浮鼬－ 在DP034中，小智一行人去河边钓鱼，碰到专门通过战斗抢走钓竿的泳气鼬，后被小光收服。在DP055中，由于喜欢小精灵对战而和喜欢华丽大赛的长尾猴进行交换，给了小智。绝招：音速波、水流喷射、水枪 、水之波动
天蝎--在DP064中，因为喜欢小智所以跟小智一起去旅行。性格：超级贪吃，多次都因为贪吃而落在队伍的最后面，而且每次飞不好都一定摔到小智身上,不过有时它的落后还挺有用的。DP70中首次知道其招式。绝招:扬沙、钢翼、十字斩。
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