一、专业不同
1、制药工程专业
制药工程专业培养具有制药工程方面的知识，能在医药、农药、精细化工和生物化工等部门从事医药产品的合成与工艺研究、医药产品开发、应用研究和经营管理等方面的高素质研究应用型专门人才。
制药工程是一个化学、药学（中药学）和工程学交叉的工科类专业，以培养从事药品制造，新工艺、新设备、新品种的开发、放大和设计人才为目标。
2、生物制药专业
生物制药技术作为一种高新技术，是70年代初伴随着DNA重组技术和淋巴细胞杂交瘤技术的发明和应用而诞生的。三十多年来，生物制药技术的飞速发展为医疗业、制药业的发展开辟了广阔的前景，极大地改善了人们的生活。
二、培养要求不同
1、制药工程专业
该专业学生主要学习有机化学、物理化学、化工原理、药物合成化学、制药工艺学、药物化学、药理学、药剂学、生物化学等方面的基本知识和基本理论，受到化学与化工实验技能、工程实践、计算机应用、科学研究与工程设计方法的基本训练，具有从事医药产品的开发与生产的基本能力。
2、生物制药专业
该专业学生应掌握生物化学、生化分离分析技术、生物技术及工业药剂学等方面的基本理论知识和专业技能，受到生物制药研究和生产技术的基本训练，具有对药品的新资源、新产品、新工艺进行研究、开发和设计的初步能力。
三、毕业去向不同
1、制药工程专业
制药工程专业毕业后可到制药工程（或医药生物技术）领域相关的生产企业、营销企业、科研院所、药品监督管理部门等企、事业单位从事药品生产、管理、营销、检验监督和研发等工作。也适于报考生物技术、药学及相关专业的研究生。
2、生物制药专业
从现今情况看从事生物医药产品研究与开发的人才严重不足，已成为制约我国生物医药产业发展的瓶颈，因此该专业的就业前景非常好，毕业生可从事生物药物的资源开发、产品研制、生产、技术管理、质量控制等工作。
参考资料来源：百度百科－制药工程专业
参考资料来源：百度百科－生物制药专业
生物技术药物已广泛用于治疗癌症、艾滋病、贫血、发育不良、糖尿病、心力衰竭、血友病、囊性纤维变性和一些罕见的遗传疾病。许多大型制药公司面临着大量专利即将过期、而同时产品储备非常不足的情况，因而不得不从生命科学公司中寻找新药。新的药物发现技术使得寻找特殊疾病药靶的途径变得越来越便宜、迅速和精确。
我国是世界上的人口大国，然而从事生物技术产业研究与开发的人数为 1.7 万，生产和经营的人数为 0.9 万，仅相当于美国生物技术产业人数的 1/4 。从事生物医药产品研究与开发的人才更是严重不足，已成为制约生物医药产业发展的瓶颈。
生物制药工程，偏重于用生物法制备药物，比如发酵、酶转化等。几乎没有什么毒性，但目前国内就业形势不乐观。因为我国起步较晚，技术基础薄弱，基本上都是国外技术的二次改进。学这个最好出国，国内是没啥前途了。
当然也不排除有的学校挂羊头卖狗肉，生物产业毕竟很热门，挂个“生物制药工程”的牌子好招生。