大陆与香港之间的物流活动涵盖了货物运输、报关、仓储、配送及信息处理等多个环节。根据报关模式的不同，主要包括一般贸易（含手册）报关、快件报关、展会（ATA）报关等。
一般贸易报关涉及中国境内具有进出口经营权的企业进行单边进口或出口的贸易活动。进口货物可以按照一般进出口监管制度办理海关手续，或享受特定减免税优惠，或经海关批准保税，分别办理相关海关手续。报关要素包括提供真实货物信息、法定需商检货物的证书及相关单证。
手册报关是海关免税监管的一种方式，分为进料加工手册和来料加工手册。进口原料和辅料不需交纳关税，只需登记在海关发放的手册上，出口时再登记出口成品的数量，完成合同或手册到期时海关核对进出料数量。若转为内销，则需补交进口关税。
电子报关是一种现代化的报关方式，利用现代通讯和网络技术，通过微机、网络或终端向海关传递电子数据报关单，并根据海关系统反馈处理结果办理海关手续。常见申报方式包括终端申报、EDI申报和网上申报。
快件报关通过快件公司名义或电子商务数据为基础进行货物通关。特点包括手续简便、费用低廉、速度快速。适用于小件散货、不需特定单证的产品、紧急货物、成本节省且无需增值税票的产品及个人自用物品。
ATA展会进出口报关需要提供ATA单证册正本、货物清单、展位确认书、展会邀请函及其他相关商业单据。办理程序包括申请、受理、审查与决定，许可的申请与延续。ATA单证册持证人需在6个月内复运货物，并可申请延期，但最多不超过3次。
出口货物退税企业在装载出口货物的运输工具办结海关手续后申请出口货物退税专用报关单。需在出口货物实际离境后办理退税，存入出口监管仓库的货物需待出库并装载运输工具离境后办理。提取出口保税仓库货物销售给国内企业或三资企业进行深加工产品复出口的，不予签定出口货物退税专用报关单。若遗失报关单，企业应在6个月内补办，并提供主管税务部门审核签章的证明。
进料加工业务出口货物办理出口退税需持外经贸主管部门批件，先送税务部门审核签章。企业开展进料加工业务时，海关凭有税务部门印章的批件办理出口料件“登记手册”。若企业未能执行合同，需持原“登记手册”或海关证明到税务部门办理注销手续。