1、物理抑藻技术
物理抑藻技术是指通过物理手段，从水中分离去除或抑制藻类的繁殖，从而达到控制藻类的目的，主要方法有以下几种：
（1）过滤法。该方法将微网或过滤材料作为过滤器，过滤去除水体中的藻类。据报道，该方法可有效去除湖水中的甲藻，同时对COD、TN、TP及叶绿素a等也有一定程度的去除。
（2）遮光法。该方法通过在湖面覆盖部分遮光板，从而抑制藻类的繁殖。
（3）沉淀法。向水中投加混凝剂或吸附剂，利用混凝或吸附原理，使藻类沉淀，从而达到去除的目的。例如，向水中播洒黏土，即可使藻类发生沉淀，从而被去除。
（4）超声波法。利用超声波与水作用产生的空化现象，损伤藻细胞内的生物分子，从而导致藻类的死亡。另外，由超声波与水或水中的气体作用产生的自由基也具有杀藻作用。值得注意的是，由于一定强度的超声波还有可能促进蛋白质的合成，在实际应用中，选择适宜的超声强度至关重要。近年来，有研究者将超声波与臭氧结合起来，用于抑制藻类的生长。
（5）紫外线法。利用紫外线的辐射作用，破坏DNA,从而杀死藻类。
物理抑藻技术存在耗时、费用高、操作困难等缺点，不易普遍和大规模实施。迄今应用最成功的典型是华盛顿湖，治理花了17年，费用l亿3千万美元。
2、化学抑藻技术
化学技术是通过化学药剂（统称杀藻剂）来抑制水中藻类的繁殖。目前已合成和筛选出的杀藻剂有：松香胺类、三联氮衍生物、有机酸、醛、酮以及季胺化合物等有机物，铜盐（硫酸铜、氧化铜）、高锰酸钾、磷的沉淀剂（ Fe2+、Fe3+等）等无机物，其中硫酸铜和漂白粉（氯）较为常用。铜离子可作用于藻胆体抑制其对光能的吸收和传递，从而达到抑制藻类生长的目的。硫酸铜在美国、澳大利亚的饮用水源水体中经常使用。
向水库、湖泊投加化学药剂时，可把药剂故在布袋中，系在船尾上，浸泡在水里，然后在水中按一定路线航行。投药量随藻的种类和数量以及其他有关条件而定。一般说，硫酸铜效果好，药效长，每升水投加0.3~0. 5mg,在几天之内就能杀死大多数产生气味的藻类植物，但往往不能破坏死藻放出的致臭物质。
3、生物抑藻技术
生物技术抑藻主要包括微生物抑藻技术、生物滤食技术和植物化感抑藻技术等。此外，基因工程抑藻也是一种很有潜力的生物抑藻技术。近十年来，蓝藻的分子遗传学研究发展快速，在基因工程载体构建、基因定位、基因转移、基因表达、功能分析等方面都取得了显着进展。利用基因工程，可以培植水华藻类的竞争生物，抑制某些特征性藻类的生长，或者可以用基因工程的方法来改变蓝藻的某些特性，用病毒抑制藻类生长。
要想有效的抑制藻类的爆发性生长，避免水华或赤潮的发生，最根本的方法就是减少生活污水和工业废水的排放，控制水体富营养水平，降低水体中氮、磷等营养物质的浓度。