1938～1945年，吴晓邦在广东、上海、桂林、重庆等地开展新舞蹈活动。1943年，在广东省曲江地区的省立艺术专科学校开设了舞蹈系，这是中国最早的正规专业舞蹈教育机构。通过他的教学、创作，广泛地播下了舞蹈的种子。这一时期他创作的《丑表功》,分“献媚”、“取宠”、“得意忘形”、“败落”4个段落，舞蹈采用戏谑式的乐曲和面具，尖锐地揭露和鞭挞了汉奸卖国贼的行径。《思凡》表现了一个青年和尚在理性与欲念的矛盾冲突中的痛苦，舞蹈自然流畅，着重于人物内心的描写，富于哲理性。《饥火》通过感情色彩的变幻和动作线条的流动，蕴含着“朱门酒肉臭、路有冻死骨”的主题。1938年后他还创作了舞剧《罂粟花》、《虎爷》、《宝塔牌坊》。《罂粟花》和《虎爷》反映了作者对国共合作、共同抗日的愿望。《宝塔牌坊》是用舞蹈艺术形象，揭露了封建制度对青年男女爱情的摧残；批判了“忠孝节义”的虚伪性。
1945年6月，吴晓邦到达革命圣地延安,在延安鲁迅文艺学院教授舞蹈。此后，他辗转在解放区各地，开展新舞蹈活动。1948年在东北民主联军总政治部宣传队舞蹈队，与部队舞蹈工作者一起，创作演出了《进军舞》。这个舞蹈，表现了人民解放军胜利进军的英雄气概，在原有战士舞蹈的基础上提高了一步，达到了一个新的水平。 回国后在上海兴办“晓邦舞蹈学校”的同时，于1935、1937年先后举办了两次作品展示会，演出了《傀儡》、《送葬》、《小丑》、《浦江之夜》、《和平的憧憬》等十多个直接反映社会现实的舞蹈。
迎着抗日的烽火，吴晓邦走出自己的“舞蹈王国”奔向民族救亡的战场。这一时期他创作了近百个具有强烈时代精神和艺术感召力的作品，其中最具代表性的有：以著名作曲家聂耳的同名歌曲创作的独舞《义勇军进行曲》（1937）；以著名作曲家贺绿汀的同名歌曲创作的群舞《游击队员之歌》（1938）。
1945年6月，他与妻子盛捷（舞蹈家）一同投奔延安，又随军转战，除了教舞蹈外，还担任“四野”舞蹈团的团长。
1951年，他主持了中央戏剧学院干部训练班的教学工作，为中国舞蹈事业的发展培养了一大批骨干力量。
1954年，他担任中国舞蹈艺术研究会主席，培养了一批舞蹈史论的研究人员。
1957年，他建立了“天马艺术工作室”，创作了《梅花三弄》、《平沙落雁》、《十面埋伏》等舞蹈。
1979年，他被选为中国舞蹈家协会主席。1981年，他兼任中国艺术研究院舞蹈研究所所长，担任舞蹈研究生的导师，培养了中国第一批高级舞蹈史论的研究人员。
他于1995年逝世。为了开拓和繁荣中国的舞蹈事业，推动舞蹈学术理论的研究和培养舞蹈人才，他贡献了自己毕生的精力，是中国舞蹈界的先驱。 吴晓邦到延安，在延安鲁迅艺术学校教授舞蹈。此后，吴晓邦辗转于解放区各地，开展新舞蹈活动。1948年在东北民主联军总政治部宣传队舞蹈队，与部队文艺工作者创作了《进军舞》。1951年，主持中央戏剧学院舞蹈干部训练班的教学。1954年出任中国舞蹈研究会主席。领导中国舞蹈史的研究工作。1957年建立天马舞蹈艺术研究室，探索中国古乐典与舞蹈的结合，创作出《梅花三弄》、《平沙落雁》、《十面埋伏》、《梅花操》等作品。
1979年以后，吴晓邦被选为中国舞蹈家协会主席。他以现代舞的自然法则为基础，结合中国民族舞蹈的特点，创立了一套理论与实践相结合的教学体系。著有《新舞蹈概论》、《舞蹈新论》、《我的舞蹈艺术生涯》等。
