“生理落果”，即由果树内在因素引起的落果。这类落果虽然不可避免，但若失管或管理不当，则更加严重。生理落果，在仁果类中有苹果、花红、梨，核果类中有桃、李、杏等，一般有两次落花和三次落果。预防方法如下：
1.第一次落花一般在开花前5天左右，花蕾还未开成花朵就自然脱落。原因是树体营养不良，生长素不平衡，或温度、水分不适宜所致。预防方法：头年秋重施基肥，10月浅耕和用杂草覆盖树盘，以提高树体营养积累，使之顺利通过休眠，增加生长激素。在果树即将萌动或刚刚萌动时，灌花前水，追施花前肥，肥料以腐熟的清人畜粪尿最好。每株施清粪尿水50～80公斤，以满足发叶抽梢和即将开花所需的养分，从而减少落花。
2.第二次落花在开花后至谢花期间连花梗一起脱落，落的是未受精的花朵。原因是花器发育不全，生命力弱，没有授粉受精能力;或授粉受精不良，子房得不到由种胚产生的生长素的刺激而脱落。预防方法：除做好前述营养管理外，还应配置适宜的授粉树，果园养蜂或花期放蜂，盛花期喷300～350倍硼砂加蜂蜜水，必要时进行人工辅助授粉，以增多异花花粉、传粉昆虫和硼素，从而提高花器质量和授粉受精能力。同时花期不要灌水，以免降低地温而降低根系的活力和吸收能力，加重落花落果。
3.第一次落果在谢花后7～14天内落豌豆至蚕豆大、受精不良的小果。原因是授粉受精不良，子房产生的激素不够，不能调运充足养分供给子房继续生长，使子房停止生长而脱落。预防方法与前者相同。
4.第二次落果在谢花后20～30天内落受了精、有拇指至汤圆大的幼果。在昆明地区，苹果一般在5月中下旬落这次果，北方由于气温回升晚，开花和结果的物候期推迟，一般在6月份，故又称“六月落果”。原因是树体贮藏的养分少，果实的胚没有形成，生长争夺养分激烈。预防方法：除头年施好基肥和开花前施好花前肥外，谢花后及时追施花后(稳果)肥，叶面喷施磷铵钾复合肥，以补充开花时消耗掉的和幼果生长急需的养分。同时做好夏季修剪，抑制枝梢旺长，以削弱枝梢争夺水肥的能力。
5.第三次落果在果实成熟前20～30天内落大果。由于接近成熟期，所以又叫“采前落果”。原因是果实随着成熟度的增加，乙烯物质亦随之增多，并输送至果梗，促使果蒂过早产生离层而使果实未熟先落。预防方法：做好果园排水，降低土中水分。喷施植物生长素以抑制离层的提早形成。据试验，苹果在采果前45～60天，连喷2次200毫克/升B9，15～30天再喷2次30～50毫克/升的萘乙酸;李子在采前30～40天喷2次500毫克/升的“2，4一D”;苹果、花红、桃、李等，在谢花后、幼果期和采收前一月，各喷1次20～25毫克/升的“防落素”等，除可有效地减轻采前落果外，还可增进果实着色，增强硬度，提高含糖量和耐贮性能。