增值税专用发票已认证但不能抵扣的话，可以直接将增值税放到采购成本里面去，构成购入资产或者支付费用的成本。比如购入固定资产、无形资产就直接购入相关的原值，如果是支付运费或者修理费等，就将增值税都放到费用里面去。
增值税的抵扣条件：
一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票以及其他需要认证抵扣的发票，必须自该专用发票开具之日起180日内认证，否则，不予抵扣进项税额。
进口货物，一般纳税人取得海关完税凭证，应当在开具之日起90日内后的第一个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，逾期不得抵扣进项税额。
一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关收款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》申请稽核比对，实行"先比对后抵扣"。纳税人取得2009年12月31日以前开具的增值税扣税凭证，仍按原规定执行。
小规模纳税人不允许抵扣。