主要的区别在于模式上的不同
模式一般分两种：Compatible和Enhanced。
从中文意思上来理解，也就是“兼容模式“和“增强模式”。
有两个选项:Compatibility和 enhanced
enhanced是将硬盘当作一个SATA设备，可以，插拔，可以获得更好的性能。
Compatibility是兼容模式，可以在没有SATA驱动程序（比如安装win2000，使用效率原磁盘检测工具）的时候提供对硬盘的支持，兼容性好,但是性能有所损失。
这两个模式都是支持linux的，除了上面所说的区别外，还有就是在安装好系统后不能再次调整模式，否则无法启动。
1.在安装Win7、Win8、Linux系统时，出现找不到硬盘的情况。
实际上这就是SATA工作模式没有调节好。
一般来说，一些比较老的操作系统对SATA硬盘支持度非常低。
在安装系统之前，一定要将SATA的模式设置成Compatible。
2.Compatible模式时SATA接口可以直接映射到IDE通道，也就是SATA硬盘被识别成IDE硬盘，Enhanced模式就是增强模式。
3.每一个设备拥有自己的SATA通道，不占用IDE通道。
适合Windows VISTA Win7、Win8、Win8.1、Win10的操作系统安装。
扩展资料：
先以华硕的P4C800为例，这款主板芯片组为i865PE，南桥为ICH5/ICH5R。
进到BIOS后，选择Main下的IDE Configuration Menu。
在Onboard IDE Operate Mode下面可以选择两种IDE操作模式。
兼容模式和增强模式(Compatible Mode和Enhanced Mode)。
其中兼容模式Compatible Mode，可以理解为把SATA硬盘端口映射到并口IDE通道的相应端口，当你选择这种模式时在下面的IDE Port Settings中会有三个选项。
1.Primary P-ATA+S-ATA：并行IDE硬盘占据IDE0+1的主通道(Primary IDE Channel)。
2.串行SATA硬盘占据IDE2+3的从通道(Secondary IDE Channel)。
也就是说这时主板上的第二个并行IDE接口对应的端口不可用。
3.Secondary P-ATA+S-ATA。
与上面正相反，此时主板第一个并行IDE接口(Primary P-ATA)上对应的端口不可用，因为给SATA硬盘占用了。
4.P-ATA Ports Only：屏蔽了串行SATA硬盘接口，只能使用并行接口设备。
前两种模式中，主板上的SATA1接口自动对应IDE通道中的主盘位置，SATA2接口自动对应IDE通道中的从盘位置。
当选择模式为增强模式Enhanced Mode时，其下的端口设置的字样变为Enhanced Mode Supports On，其中也有三个选项：
1.P-ATA+S-ATA：并行和串行硬盘并存模式，此时SATA和PATA通道都相互独立互不干扰。
理论上4个P-ATA和2个S-ATA可同时接6个设备，实际上得根据不同主板而定，有的南桥芯片就只支持4个ATA设备。
此时SATA1口硬盘对应Third IDE Master(第三IDE通道主盘)，SATA2口硬盘对应Fourth IDE Master(第四IDE通道主盘)。
2.S-ATA：串行硬盘增强模式，此时理论上支持4个串行硬盘，但还得看主板的支持情况(如果是ICH5R芯片组如P4P800。
想组RAID模式，则必须要选择此项，并将Configure S-ATA as RAID项设为Yes，S-ATA BOOTROM项设为Enable。
设置后BIOS自动检测的时候按“Ctrl+I”进行RAID设置)。
3.P-ATA：其实还是一种映射模式，SATA硬盘占据的是第一个IDE通道。
SATA1口对应第一个通道的主盘，SATA2口对应第一个通道的从盘。
参考资料来源：百度百科-SATA硬盘