个人部分不计税，单位部分必须作为当月收入计税。
1、个人的139.94元是不计税的，企业的559.75元要计税，该员工当月收入10044.07元，扣除个人缴纳部分的住房公积金、失业保险费、医疗保险费、基本养老保险金等后，超过3500元部分再按相应税率缴税。
2、根据《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕694号）的规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入。
3、企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。
4、个人领取年金时，其应纳税款由受托人代表委托人委托托管人代扣代缴。年金账户管理人应及时向托管人提供个人年金缴费及对应的个人所得税纳税明细。
托管人根据受托人指令及账户管理人提供的资料，按照规定计算扣缴个人当期领取年金待遇的应纳税款，并向托管人所在地主管税务机关申报解缴。
扩展资料
根据《通知》规定，个人根据国家有关政策规定缴付的年金个人缴费部分，在不超过本人缴费工资计税基数的4%标准内的部分，暂从个人当期的应纳税所得额中扣除。超过规定的标准缴付的年金个人缴费部分，应并入个人当期的工资、薪金所得，依法计征个人所得税。
企业年金个人缴费工资计税基数为本人上一年度月平均工资。月平均工资按国家统计局规定列入工资总额统计的项目计算。月平均工资超过职工工作地所在设区城市上一年度职工月平均工资300%（自2013年8月1日起我市在岗职工月平均工资3倍为13710元）以上的部分，不计入个人缴费工资计税基数。
例如：李先生上年月平均工资为8000元，未超过我市在岗职工月平均工资3倍（13710元），因此张先生个人缴费年金的可扣除限额为8000×4%=320元。若其按4%缴付年金320元，可从工资薪金中扣除320元；若按3%缴付年金240元，可从工资薪金中扣除240元；
若按5%缴付年金400元，可从工资薪金中扣除320元，差额80元不能从应发工资额中扣除。
9月份工资8000，扣除五险一金（假设为1500元），扣除起征点3500元，应纳税所得额为8000-1500-3500=3000元，适用税率10%，则工资部分个税为300元。
企业年金不与工资合并计税，单独作为一个月工资，不扣除起征点计税，则企业年金部分200元，适用税率3%，企业年金个人所得税为200元乘以3%=6元。
9月份合计应缴纳个人所得税=工资部分个人所得税+企业年金应缴个人所得税=306元。
扩展资料：
通过建立个人账户的方式，由企业和职工定期按一定比例缴纳保险费（其中职工个人可以选择缴纳比例或者申请放弃加入企业年金方案），职工退休时的企业年金水平取决于资金积累规模及其投资收益。其基本特征是：
(1)简便易行，透明度较高；
(2)缴费水平可以根据企业经济状况作适当调整；
(3)企业与职工缴纳的保险费免予征税，其投资收入予以减免税优惠；
(4)职工个人承担有关投资风险，企业原则上不负担超过定期缴费以外的保险金给付义务；
缴纳年金的优点在于：
(1)简便灵活，雇主不承担将来提供确定数额的养老金义务，只需按预先测算的养老金数额规定一定的缴费率，也不承担精算的责任，这项工作可以由人寿保险公司承担；
(2)养老金计入个人账户，对雇员有很强的吸引力，一旦参加者在退休前终止养老金计划时，可以对其账户余额处置具有广泛选择权；
(3)本计划的企业年金不必参加养老金计划终止的再保险，如果雇员遇到重大经济困难时，可以随时终止养老金计划，并不承担任何责任。
参考资料来源：百度百科-企业年金
以你的例子说，个人的139.94元是不计税的，企业的559.75元要计税，该员工当月收入10044.07元，扣除个人缴纳部分的住房公积金、失业保险费、医疗保险费、基本养老保险金等后，超过3500元部分再按相应税率缴税。具体规定如下：
根据《国家税务总局关于企业年金个人所得税征收管理有关问题的通知》（国税函〔2009〕694号）的规定，企业年金的企业缴费计入个人账户的部分（以下简称企业缴费）是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金（不与正常工资、薪金合并），不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。本回答被提问者采纳
一、企业年金无个人所得税税收优惠待遇
国税函[2009]694号第一条规定，企业年金的个人缴费部分，不得在个人当月工资、薪金计算个人所得税时扣除。这就是说企业年金个人缴费部分也要计算缴纳个人所得税。
国税函[2009]694号第二条第一款规定，对于企业年金的企业缴费计入个人账户的部分(以下简称企业缴费)是个人因任职或受雇而取得的所得，属于个人所得税应税收入，在计入个人账户时，应视为个人一个月的工资、薪金(不与正常工资、薪金合并)，不扣除任何费用，按照“工资、薪金所得”项目计算当期应纳个人所得税款，并由企业在缴费时代扣代缴。
二、月工资收入低于费用扣除标准的年金不征税
由于国税函[2009]694号对企业为月工资收入低于费用扣除标准的职工缴存企业年金的征税问题不够明确，因此9号公告规定，企业年金的企业缴费部分计入职工个人账户时，当月个人工资薪金所得与计入个人年金账户的企业缴费之和未超过个人所得税费用扣除标准的，不征收个人所得税;个人当月工资薪金所得低于个人所得税费用扣除标准，但加上计入个人年金账户的企业缴费后超过个人所得税费用扣除标准的，其超过部分按照国税函[2009]694号第二条规定缴纳个人所得税。
三、合并期限缴费的年金应纳税额高
国税函[2009]694号第二条第二款规定，对企业按季度、半年或年度缴纳企业缴费的，在计税时不得还原至所属月份，均作为一个月的工资、薪金，不扣除任何费用，按照适用税率计算扣缴个人所得税。因此，如果企业不是按月缴费，而选择按季、半年或年度一次性缴费，则会因为个人所得税累进税制而使个人承担更高的税负。
四、企业缴费未归属个人部分可申请退税
国税函[2009]694号第三条规定，对因年金设置条件导致的已经计入个人账户的企业缴费不能归属个人的部分，其已扣缴的个人所得税应予以退还。具体计算公式如下：应退税款=企业缴费已纳税款×(1-实际领取企业缴费/已纳税企业缴费的累计额)。
参加年金计划的个人在办理退税时，应持居民身份证、企业以前月度申报的含有个人明细信息的《年金企业缴费扣缴个人所得税报告表》复印件、解缴税款的《税收缴款书》复印件等资料，以及由企业出具的个人实际可领取的年金企业缴费额与已缴纳税款的年金企业缴费额的差额证明，向主管税务机关申报，经主管税务机关核实后，予以退税。
由于企业年金和股票期权相似，具有留住企业人才的作用。因此，很多企业年金方案中对于职工享受企业年金都有一些限制性规定。如果员工未达到服务年限中途离职或发生其他不符合年金授予条件的情况，企业将可以随之终止年金合同。因此，对于个人而言，由于最终没有得到这笔年金，就存在多缴个人所得税而需要退税的问题。
五、以前年度年金应扣未扣税的补缴方法
由于国税函[2009]694号对以前年度企业缴费部分未扣缴税款的计算补税问题不够明确，因此9号公告规定，对企业年金企业缴费部分以前年度未扣缴税款的，在计算应补缴税款时，首先应按照每一职工月平均工资额减去费用扣除标准后的差额确定职工个人适用税率，然后按照国税函[2009]694号第五条规定计算个人实际应补缴税款;职工月平均工资额=当年企业为每一职工据以计算缴纳年金费用的工资合计数÷企业实际缴纳年金费用的月份数，公式中的工资合计数不包括未计提企业年金的奖金、津补贴等;纳税年度内每一职工应补缴税款=当年企业未扣缴税款的企业缴费合计数×适用税率-速算扣除数，公式计算结果如小于0，适用税率调整为5%，据此计算应补缴税款。