TV 版：
带“★”表示特别篇，带“◆”表示动画原创
1999年（129－173）
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件★ 130 竞技场无差别胁迫事件（前篇） 131 竞技场无差别胁迫事件（后篇） 135 消失的凶器搜索事件◆ 136 青色古堡探索事件（前篇） 137 青色古堡探索事件（后篇） 138 最后播映杀人事件（前篇） 139 最后播映杀人事件（后篇） 140 SOS！步美传达的讯息 146 本厅刑事恋爱物语（前篇） 147 本厅刑事恋爱物语（后篇） 156 本厅刑事恋爱物语2（前篇） 157 本厅刑事恋爱物语2（后篇）
2000年（174－218）
174 20年的杀意 新佛尼号连续杀人事件★ 176 与黑衣组织的再会（灰原篇） 177 与黑衣组织的再会（柯南篇） 178 与黑衣组织的再会（解决篇）（灰原哀第一次恢复为宫野志保） 182 九道门大搜索◆ 188 危命的复活 洞窟中的侦探团 189 危命的复活 负伤的名侦探 190 危命的复活 第三种选择 191 危命的复活 黑衣骑士 192 危命的复活 新一回来了 193 危命的复活 约定的场所 194 意味深长的八音盒（前篇） 205 本厅刑事恋爱物语3（前篇） 206 本厅刑事恋爱物语3（后篇） 212 蘑菇、熊和侦探队（前篇） 213 蘑菇、熊和侦探队（后篇）
2001年（219－262）
225 生意兴隆的秘密◆ 230 神秘的乘客（前篇） 231 神秘的乘客（后篇） 233 未消失的证据（前篇） 234 未消失的证据（后篇） 242 元太的灾难 246 陷入网中的谜团（前篇） 247 陷入网中的谜团（后篇） 258 来自芝加哥的男人（前篇） 259 来自芝加哥的男人（后篇）
2002年（263－303）
266 情人节的真相（事件篇） 269 犯罪的纪念品（前篇） 270 犯罪的纪念品（后篇） 276 警察手册遗失事件 277 英语教师VS西部名侦探（前篇） 279 疯狂足球迷（前篇） 280 疯狂足球迷（后篇） 289 光彦森林迷失记（前篇） 290 光彦森林迷失记（后篇） 294 爱与决断的冲击（前篇）◆ 295 爱与决断的冲击（后篇）◆ 301 恶意与圣者的游行（前篇） 302 恶意与圣者的游行（后篇）
2003年（304－344）
304 震动的警视厅 1200万人质★ 309 与黑衣组织的接触（交涉篇） 310 与黑衣组织的接触（追击篇） 311 与黑衣组织的接触（决死篇） 312 夕阳染红的女儿节人偶（前篇） 313 夕阳染红的女儿节人偶（后篇） 329 金钱买不到的友情（前篇） 330 金钱买不到的友情（后篇） 335 东都显影所的秘密（前篇） 336 东都显影所的秘密（后篇） 338 四辆保时捷（前篇） 339 四辆保时捷（后篇） 340 厕所里隐藏的秘密（前篇） 341 厕所里隐藏的秘密（后篇） 343 便利店的陷阱（前篇）
2004年（345－383）
345 与黑衣组织直面对决！满月之夜的二元神秘事件★ 346 寻找屁股上的印记（前篇） 347 寻找屁股上的印记（后篇） 348 爱、幽灵与地球遗产（前篇）◆ 349 爱、幽灵与地球遗产（后篇）◆ 358 本厅刑事恋爱物语5（前篇） 359 本厅刑事恋爱物语5（后篇） 361 帝丹高中校园灵异事件（前篇） 366 众目睽睽之下的码头惨剧（前篇） 367 众目睽睽之下的码头惨剧（后篇） 373 剧毒蜘蛛的陷阱◆ 374 星星和香烟的暗号（前篇） 375 星星和香烟的暗号（后篇） 376 限时15时◆
2005年（384－424）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音（前奏曲） 390 本厅刑事恋爱物语6（前篇） 391 本厅刑事恋爱物语6（后篇） 394 奇异屋宇大冒险（封印篇） 395 奇异屋宇大冒险（操纵篇） 396 奇异屋宇大冒险（解决篇） 398 奇妙一家的委托（前篇） 401 宝石抢匪现行犯（前篇） 402 宝石抢匪现行犯（后篇） 403 诡异的天使之馆（前篇）◆ 404 诡异的天使之馆（后篇）◆ 411 神社鸟居之惊人暗号（前篇） 412 神社鸟居之惊人暗号（后篇） 414 侦探团青鸟追踪记◆ 418 米花町阁楼的房屋◆ 421 银杏色的初恋（前篇） 422 银杏色的初恋（后篇） 423 侦探团与青虫四兄弟◆
2006年（425－459）
425 黑色冲击！黑衣组织魔爪伸来的瞬间★ 427 充满神秘的上学路（前篇） 428 充满神秘的上学路（后篇） 435 侦探团的特别专访（前篇） 436 侦探团的特别专访（后篇） 443 叹气拾潮（前篇） 444 叹气拾潮（后篇） 453 因缘与友情的试映会 454 颠倒的结尾（前篇） 455 颠倒的结尾（后篇）
2007年（460－490）
460 一年B班大作战 466 打不破的雪人（前篇） 467 打不破的雪人（后篇） 468 池塘边的怪事件◆ 472 工藤新一少年冒险（前篇） 473 工藤新一少年冒险（后篇） 476 元太的必杀球（前篇） 477 元太的必杀球（后篇） 478 真实的30分钟◆ 481 山妖婆婆的利刃（前篇） 482 山妖婆婆的利刃（后篇） 483 消失的巡警◆ 484 黑色照片的去向（前篇） 485 黑色照片的去向（后篇） 486 从右至左的招财猫◆ 488 电视台的恶魔★
2008年（491－520）
492 红与黑的碰撞 血缘 495 红与黑的碰撞 昏睡 501 红与黑的碰撞 嫌疑 502 红与黑的碰撞 洁白 503 红与黑的碰撞 决死 504 红与黑的碰撞 殉职 507 卡拉OK包房的死角（前篇） 509 红白黄色与侦探团 510 柯南vs双重暗号之谜 511 推理对决！新一VS冲矢昴 515 怪盗基德的瞬间移动魔术★ 518 明治维新神秘之旅（探索篇）◆ 519 明治维新神秘之旅（解决篇）◆
2009年（521－561）
521 杀人犯 工藤新一★ 522 新一的真实身份与小兰的眼泪★ 523 真正想问的事 524 憎恶的蓝色火花（前篇） 525 憎恶的蓝色火花（后篇） 533 呼唤过去的伤痕 534 新伤痕与吹口哨的男人 535 旧伤痕与刑警之魂 536 消失的名画背后的秘密◆ 542 鱼儿消失的一角岩（前篇） 543 鱼儿消失的一角岩（后篇） 549 回转寿司之谜（前篇） 550 回转寿司之谜（后篇） 551 犯人是元太的父亲（前篇） 552 犯人是元太的父亲（后篇） 554 鹳的探索之旅（小兰搜索篇）◆ 555 鹳的探索之旅（追踪阳菜篇）◆ 557 与危险的二人同行 558 死亡之馆 赤壁（三顾之礼）
2010年（562－601）
563 侦探团VS强盗团（骚乱） 564 侦探团VS强盗团（沉默） 568 白鸟警部 樱花的回忆（前篇） 569 白鸟警部 樱花的回忆（后篇） 571 妖怪仓库中的夺宝战斗（前篇） 572 妖怪仓库中的夺宝战斗（后篇） 575 黑色连衣裙的不在场证明（前篇） 577 萤火虫点亮的真相◆ 578 召唤危机的红色前兆 583 小林老师之恋 584 白鸟警部的失恋 585 跨越时空的樱花之恋 586 黑暗中消失的麒麟之角 587 基德vs四神侦探团 591 家中的水族馆◆ 597 蒸汽密室的剧本（前篇） 598 蒸汽密室的剧本（后篇）
2011年（602－641）
606 法庭的对决Ⅳ 审判员是小林澄子（前篇）◆ 607 法庭的对决Ⅳ 审判员是小林澄子（后篇）◆ 614 日记演奏的秘密（前篇） 615 日记演奏的秘密（后篇） 616 福尔摩斯的默示录（名侦探的弟子） 621 福尔摩斯的默示录（0 is start） 622 紧急事态252（前篇） 623 紧急事态252（后篇） 624 初恋的视频信件 631 花时钟知道一切◆ 633 时间守护者的剑（后篇）（片尾曲之后）
2012年（642－680）
642 和歌纸牌千钧一发（前篇） 643 和歌纸牌千钧一发（后篇） 648 侦探事务所笼城事件（勃发） 649 侦探事务所笼城事件（狙击） 650 侦探事务所笼城事件（解放） 656 博士的视频网站（前篇） 657 博士的视频网站（后篇） 659 与初恋的共同搜查（前篇） 660 与初恋的共同搜查（后篇） 663 追逐深山锹形虫◆ 664 名犬Cool的功劳2◆ 669 黑暗塔的秘宝（前篇）◆ 670 黑暗塔的秘宝（后篇）◆ 672 侦探们的夜想曲（诱拐） 673 侦探们的夜想曲（推理） 674 侦探们的夜想曲（波本） 675 一丁点都不原谅（前篇） 676 一丁点都不原谅（后篇）
2013年（681－）
681 以性命为赌注的恋爱转播（转播开始）（远影） 683 以性命为赌注的恋爱转播（现场突入） 684 泡沫、蒸汽和烟（前篇） 685 泡沫、蒸汽和烟（后篇） 686 装载了定时炸弹的汽车◆ 687 无人能解的冰之陷阱◆ 690 工藤优作未解决的事件（前篇） 696 花坛破坏者的阴谋◆ 698 不会吧！UFO坠落事件◆ 699 逼近灰原秘密的黑影（前篇） 700 逼近灰原秘密的黑影（后篇）（灰原哀第二次恢复为宫野志保） 701 漆黑的特快列车（发车） 702 漆黑的特快列车（隧道）（2013年7月20日播出） 703 漆黑的特快列车（交叉）（2013年7月27日播出） 704 漆黑的特快列车（终点）（2013年8月3日播出） 705 密室中的柯南（2013年8月10日播出）
参考资料：
http://baike.baidu.com/view/4109.htm