引起
白鳍豚种群濒危的因素有白鳍豚自身的原因（内因)也有人类活动造成的影响(外因）后者是主要的。
内因：白鳍豚繁殖力低下，如6～8龄成熟，一胎一仔，成熟雌性约2年一个繁殖周期
食性单一，仅食一定大小的鱼；据推测其能力相对低下（相对于
江豚）等。这些是造成白鳍豚种群濒危的内在因素（冯文慧等1986）。
外因：①过度渔捞业：一方面破坏白鳍豚赖以生存的鱼类资源，另一方面，一些有害的渔具、渔法，如滚钩、电捕鱼、炸鱼、毒鱼等均可直接伤害白鳍豚；②迅速发展的航运业：一方面，机动船只的大量增加挤占了白鳍豚生存的有限空间，机动船只发出的巨大噪声干扰了白鳍豚的声纳系统，另一方面，
螺旋桨也可直接击毙白鳍豚；③水利设施的建设：沿江修筑的防洪、排涝堤坝、涵闸等改变了过去沿江湖泊、小支流的
通江环境，使得白鳍豚栖息的小生境丧失或变差，像
葛洲坝、三峡这样的拦江大坝等巨型水利工程对白鳍豚带来的间接景响也是不可忽视的；④长江水体污染：长江干流靠近城市的沿岸带以及南京以下江段的水质已受到一定程度的污染，在白鳍豚和江豚体内测出一定浓度的有机氯和重金属含量。另外，长江及其附近发生的农药运输车、船的翻沉事故也会给长江鱼类和白鳍豚带来灾难性的后果。