特殊食品生产企业的包保主体主要有两个方面：一是企业自身的管理层，二是政府监管部门。
首先，企业自身的管理层是特殊食品生产安全的第一责任人，他们必须确保生产过程的合规性和产品的安全性。企业管理层需要制定并执行严格的食品安全管理制度，加强原料采购、生产加工、储存运输等全过程的质量控制，确保特殊食品的质量安全。
其次，政府监管部门也是特殊食品生产企业的包保主体之一。政府监管部门需要加强对特殊食品生产企业的监督检查，确保其符合相关法规和标准的要求，对发现的问题及时进行处理和整改，保障公众的健康安全。
综上所述，特殊食品生产企业的包保主体包括企业自身的管理层和政府监管部门，他们共同承担着确保特殊食品安全生产的责任。