首领
BOSS，即那个人(あの方)
黑暗组织的首领，身份不详，可能年纪有七十岁以上，故要开发返老还童之药。
灰原曾说过：“也许‘那个人’的原形是结果难以令人相信很意外的人物”。
干部
GIN（
琴酒／杜松子酒／
金恩／吉恩／阿进）（配音演员：堀之纪）
黑暗组织成员，让
工藤新一身体缩小的罪魁祸首。曾犯下许多抢劫杀人案件，智商相当高，十分阴险。爱车是一辆黑色的保时捷356A。
VODKA（伏特加／沃特卡／沃卡／沃克）（配音演员：立木文彦）
黑暗组织成员。极端残忍但头脑简单。
VERMOUTH（苦艾酒／贝尔茉／蓓摩特／贝尔摩特）（配音演员：小山茉美）
黑暗组织成员。百变魔女，擅长易容，其真实身份是美国女星莎朗·温亚特。可能也曾服用过APTX4869，而后对外宣称是莎朗的女儿克利斯·温亚特。早年与新一之母有希子在初代怪盗基德（黑羽盗一）门下学习易容，二人成为朋友。在动画版第286～288集中，新一母子、
毛利兰往美国看歌剧，曾与她见面，亦见识她的易容术，新一解决杀人事件后，她易容为连续杀人犯，不慎跌下楼，但被新一救过一命，所以后来在知道
柯南就是新一之后，仍然放过了他（第345集）。命名来自同名法国、意大利烈酒。
新成员（身份待定）
BOURBON（
波本）
黑暗组织成员，侦探。具有一流的情报收集能力，观察力以及洞察力。目前其目标是宫野志保。其真实身份未明，可能是大学研究生冲矢昴。命名来自同名美国威士忌。
部下
TEQUILA （龙舌兰／塔吉拉／塔其拉）（配音演员：广田行生）
黑暗组织成员，有关西口音。已在爆炸案中被炸死。命名来自同名墨西哥烈酒。
PISCO（匹斯可／皮斯可）（配音演员：村松康雄）
黑暗组织成员，宫野志保（身体缩小后即为灰原哀）父亲（即宫野厚司）的好友。已被GIN枪杀。命名来自同名
秘鲁烈酒。
CALVADOS（苹果白兰地／卡尔瓦多斯）
黑暗组织成员，男性，
狙击手。被
赤井秀一打残后自杀。命名来自同名法国苹果白兰地。
CHIANTI（香缇）（配音演员：井上喜久子）
黑暗组织成员，女性，狙击手。和CALVADOS交情不错，所以痛恨对他见死不救的VERMOUTH。狙击距离的极限是600码。
KORN（科伦）（配音演员：木下浩之）
黑暗组织成员，男性，狙击手。狙击距离的极限和香缇一样是600码。组织中另一位重量级狙击手，总是和Chianti并肩作战，参与过多次暗杀活动，也能射中600码以内的任何事物，性格沉郁寡言，对苦艾酒没有好感，但服从Gin的安排。
KIR（基尔）
黑暗组织成员，化名水无怜奈，被组织命令去电视台做新闻主播。真名本堂瑛海，和本堂瑛佑是姊弟，CIA情报员。