中央机构：中书省：最高行政机关，主管六部，分别为吏、户、礼、兵、刑、工； 尚书省：负责财政事务；枢密院：军事管理机关；御史台：最高监察机关；宣政院：统领宗教事务和管辖西藏地区。
地方机构：在地方设置行中书省，行省由中央委派官员到各地署事，行省下有道、路、府、州、县、社。因河北、山东、山西是由中书省直接管辖，所以不包含在地方机构。
元朝的地方最高行政机构，忽必烈即位之初是由临时性的中央派出机构派到各地署事，行使中书省的权力。后面发展为常设的地方最高行政机构。
地方机构所设置的有岭北、辽阳、河南、陕西、四川、云南、甘肃、江浙、江西、湖广等行省。在距离省治较偏远的地区，分道设宣慰司，处理当地军民事务。负责民政的官员属中书省管辖，负责军务的官员属枢密院管辖。