赫尔巴特在《教育学讲授纲要》中说：“教育作为一种科学，是以实践哲学与心理学为基础的。前者指明目的，后者指明途径、手段……”，基于以上指导思想，赫尔巴特很重视对哲学和心理学的研究，力图把自己的教育思想建立在哲学和心理学的研究成果之上。
哲学观赫尔巴特受到康德、费希特、莱布尼茨等惟心主义哲学思想的影响，尤其是莱布尼茨的“单子论”。莱布尼茨认为构成世界万物的本原和基础是一种叫做“单子”的精神实体。康德则提出了“物自体”的概念，认为宇宙间存在着离开意识而独立存在的、但是不可认识的本体。赫尔巴特吸收并揉合了以上观点，发展了一套形而上学的实在论学说。他认为宇宙是由人们所不能认识的无数永恒不变的“实在”这样一种精神实体所构成的。“实在”的世界是绝对的，没有任何变化。“实在”是永恒不变的，但“实在”与“实在”之间有着各种不同的关系并相互发生影响，这些不同的关系和相互影响，就构成了宇宙可变性的外形，造成人们在认识宇宙时的种种错觉与幻觉。因此，人们研究教育现象时必须以对“实在”的认识为基础。赫尔巴特关于形而上学的实在论学说，在19世纪哲学界有着相当的影响。与此同时，赫尔巴特又吸收了以洛克为代表的英国惟物主义经验论的学说，把人的心灵看作“白板”，坚持心理与认识产生于感觉和经验。
心理观赫尔巴特主张在心理学的基础上建立教育方法论。他最早宣称心理学是一门科学；主张心理学应该和哲学分开，用特殊的方法研究自己特定的对象。他还认为，“在我们的教育学领域中大部分的缺陷乃是由于缺乏心理学的结果”，故毕生致力于把教育学建立在心理学基础上的伟大尝试。
赫尔巴特依据其哲学观，认为宇宙是由许多独立存在的、不变的、不可消灭的精神实体——“实在”所构成，人的心灵(或灵魂)也是这样一个简单的实体，人们是无法了解其本质的。但是，人的心灵可以通过感官媒介，在与外界的各种实在相互发生影响，在相互影响、相互冲突中，获得人们心灵中最初的“观念”。“观念”是赫尔巴特心理学中常见的词汇，有的译为“概念”或“表象”，一般是指事物呈现于感官，在意识中留下的印象。他认为观念乃是心理活动最基本的要素，没有观念就不存在心理，心理学就是研究观念的科学，是关于观念的出现、结合、集聚、分散、斗争和削弱的科学。他还认为各种观念的形成及其运动，决定着人的意识包括认识、情感、愿望的全部内容。
赫尔巴特在表述他的观念心理学时，首创了诸如“意识阈”、“无意识”、“统觉”、“有意识”等概念。
关于“意识阈”，他解释为：人的意识中集聚着无数的观念，其中一部分观念由于其力量和强度较小而被抑制，“一个观念若要由一个完全被抑制的状态进入一个现实观念的状态，便须跨过一道界限，这些界限便为意识阈”。他认为意识和无意识是可以互相转化的。随着时间的变迁，意识阈限上的观念可以转入意识阈限下而成为无意识。反之也可。他的这一理论成为20世纪弗洛伊德“潜意识”学说的渊源。赫尔巴特试图用他以上的理论去解释复杂的心理现象，如遗忘即是一种观念被另一些力量较强的观念排挤、抑制在意识阈之下；回忆与此相反，是原已被排挤出的观念受到某些观念的吸引，重新呈现在意识阈之上；愉快则是两种观念保持和谐与合作。总之，赫尔巴特把各种心理活动都归结为观念及其运动。
关于统觉赫尔巴特认为观念有自己存在的方式，它们互相吸引或者是排斥，极力维护自身的整体性。统觉是指儿童在原有经验的基础上吸收、同化新观念，并构成观念体系的过程。当人们注意一个事物时，心灵(实在)便与互相认识的事物(实在)发生作用，形成观念，这是单个观念。这个观念若与意识中原有的观念相一致，便被吸收、同化，观念与观念便形成了观念团，再不断扩大，便形成了观念体系，赫尔巴特将之称为“统觉团”。在赫尔巴特的心理学中，统觉占有重要的地位。他认为能否促进统觉的进行关系到教学的成败，所以教师应很好地掌握有关规律，以便在教学中使新观念更好地被统觉团所吸收、同化。
关于兴趣赫尔巴特的兴趣，是指学生心理、观念的积极广泛的运动，及其对所学事物所产生的有高度吸引力和高度注意力的内部心理状态。他认为“兴趣是由各种有趣味的实物和作业所产生的。”在学习中学生若有了兴趣便会自己要求巩固知识、扩大知识，并能主动地去选择、迎接知识。所以他提出教学应建立在兴趣的基础之上。
赫尔巴特的观念心理学是建立在理论假设的基础之上的。他否认了心理本质的可知性，也不承认心理生理基础的研究，而且其理论充满了矛盾。但在当时，他的理论摧毁了占统治地位的官能心理学，提出人的心理是一个由各种观念的活动构成的有机联系的整体，人的情感、愿望和意志是由占优势的统觉团决定的。他力图揭示人的内在心理活动的规律，并要求把教育学建立在这个基础之上，使教育者们都来探索人的意识的内在活动的机制，研究知识经验的形成，并由此寻找教育规律是很有价值的。
伦理观赫尔巴特的伦理学思想的核心是强调每个人都应具有五种道德观念，其一为“内心自由”的观念。它要求个人的意见和行为能受制于内心理性的判断，在意志和行为之间就不会有任何矛盾、斗争。其二为“完善”的观念。每个人应具有完美的理想和实现志向的坚韧不拔的毅力。这是实现德育、协调矛盾的基础。其三为“仁慈”的观念。要求一个人无私地为他人谋福利，使自己的意志与他人的意志互相协调。其四为“正义”的观念，实际上是“守法”的观念。其五为“公平或报偿”的观念。让人们明白善有善报，恶有恶报，对善行给予褒赏奖励，对恶行坚决惩罚。赫尔巴特指出这五种道德观念并不是平行并重的，“完善的观念应在其他实践观念以前……因为它继续不断地可以应用”。教育尤其应该着重于“完善”的观念。
赫尔巴特认为这五种永恒不变的“美德”是“巩固世界秩序的永恒真理”，也是维持现存社会秩序的行为准则。“五种道德观念”不仅是赫尔巴特的伦理学信条，同时也构成他教育理论的重要立论依据。
赫尔巴特是第一个明确提出要以伦理学、心理学作为教育理论体系基础的教育家。在《教育学讲授纲要》的序言中，他说：教育作为一门科学是以实践哲学(即伦理学)和心理学为基础的，前者规定教育的目的，后者指明达到目的的手段和方法。因此，西方教育史学家称他是“科学教育学的奠基人”。