明建国之后，就面临着来自海上倭寇的威胁，因当时明军拥有水军等24卫的强大水军，主要御倭于海上。后来逐渐加强海防建设，实行水陆并防的战略，“倭海上来，则海上御之耳。请量地远近，置卫所，陆聚步兵，水具战舰，则倭不得人，人亦不得傅岸”（
《明史》卷126《汤和传》）。实行这一方略到永乐十七年（1419年）望海埚大捷后，沿海的倭患基本平息了。但到
嘉靖年间，倭寇又猖掀起来。人们对海防给予更大的关注，海防思想有了新的发展，概括起来有如下几个方面：
第一，巩固海防以收人心为本。嘉靖年问倭寇之所以猖獗，就明朝内部来讲，其原因在于政治腐败和军备废弛。政治腐败，赋役繁重，官吏贪酷，百姓丧其乐生之志，依附于入侵的倭寇，是倭患日益严重的重要原因。因此一些人认为，要消除倭患，“当一面督兵截杀以治其流，一面重抚百姓以治其本”（
《筹海图编》卷11《叙寇原》）。百姓安居乐业，就不会依附倭寇，相反会在倭寇入侵时为官府所用。因此“政事为急，甲兵次之”。
重抚百姓，就要薄赋税。一切赋税能减免的尽量减免，实在要取之于民的也要防止官吏任意加派，指一科十。同时，官吏要关心百姓的痛痒，解决百姓的疾苦。安抚百姓，还要让沿海百姓能下海谋生。实行海禁，寸板不许下海，只能是对去远洋勾结倭寇而言，对于一般渔民在近海捕鱼捞虾和一般商人到邻省贩卖粮食则不应禁止。依附倭寇的百姓只要归降，就既往不咎；擒斩倭寇的要照样立功授奖；愿报效国家的，可以录用。
要使百姓安居乐业，关键是要有好的官吏。对于那些贪官暴吏，不论是在职的还是去职的都要给以严厉的惩办，“以快吾民之愤；穷追其赃，以代吾民之赋”。同时要选择那些“有爱民之诚，有守己之操，有处事之才”（《筹海图编》卷12《择守令》）的人为官。有了这样的官吏就能实行善政，百姓就会安居乐业，不依附倭寇。“故良吏优于良将，善政优于善战”（《筹海图编》卷11《叙寇原》）。后来有人又提出巩固海防“有标有本，有标之本，有本之本”。讲战阵等外御为标之标，绝私市等内御为标之本，整顿好军队是本，“而大要则又以收人心”为本之本。“图其标一岁之计，图其本百岁之计，图其标之本与本之本则万世之计。”这种以安民心，使民众安居为巩固海防根本的思想，虽然是针对当时具体形势提出的，但它也揭示出国防问题的一个普遍原则。
第二，建立多层次防御体系。总括起来，当时人提出的建立多层次防御体系是
海陆结合，攻守结合，相互支援，军民协力，守之于海洋，守之于海岸，守之于内河，守之于城镇。
“防海之制谓之海防，则必宜防之于海，犹江防者必防之于江，此定论也”（《筹海图编》卷12《御海洋》）。敌人从海上来，用水军在海上进行防御，是“首务”，也是“上策”。明军长于水战，“乘其初至而击之，不使得以相待合势而猖撅”（
《正气堂集》卷7《条议防倭事宜》），这是一；倭寇长于陆战，“一被突人，陆路追战，兵无素练之律，贼怀必死之心”，要想取胜有困难，这是二；承平日久，内地百姓不闻金鼓，不识兵革，一见贼至，鱼惊鸟散，财产被掠夺，人员道茶毒，这是三；因此御敌于海洋胜于御敌于内陆，是上策。为了御敌于海上，首先要大力发展水军，“水兵急于
陆兵”，要使“水兵常居十七，陆兵常居十三”。其次，沿海普遍进行巡哨，并有效地组织“协谋会辅”。广、福、浙、直各省内部要划分防守海区，责令各总、寨进行巡哨，并互相配合，各省之间也是如此。这样“哨道联络，势如
常山，会捕合并，阵如鱼丽”（《筹海图编》卷12《勤会哨》），在整个沿海形成严密的防线。而且在敌人人侵的冲要海域，设置多层防线，敌“来则攻之，去则追之，屡来屡攻，屡去屡追，何患倭寇之不灭乎”（《正气堂集》卷9《请多调战船》）。再次，守沿海重要岛屿，断绝敌人接济。倭寇入侵中国往往首先在沿海岛屿登陆，补充淡水，窥测虚实，所以要在沿海岛屿事先会兵戍守，使倭寇不得停泊，得不到接济。再其次，组织沿海渔民，加强海上防御。沿海渔民不畏风涛，习惯于海上生活，将他们组织起来，“听其采捕，因而为兵”，从而形成一支强大的海上防御力量。
“贼至不能御之于海，则海岸之守为紧关第二义”（《筹海图编》卷12《固海岸》）。沿海是内地的门户，守好门户，内地才安全，而且敌远渡大海比较疲惫，登陆之际，没有依托，便于歼灭。因此，除御敌于海
上外，还要有坚固的海岸防守，在海岸建立又一道防线。海岸防守，首先要预有设防。设防要在要害之地，设防之点要能互相支援。其次，实行水陆夹击。陆兵要与水兵相互配合，“贼船潜入海口，则水兵星罗于其外，陆兵云布于其内。其将至也，击其困惫；既至也，击其先登；既登也，击其无备”，将其歼灭。再次，要相互支援。敌人登陆于沿海，内地要出兵支援；敌人在此地登陆，彼地要出兵支援，各支部队协力歼灭敌人。、“赋人深入，必抢内地船只，水陆兼进，故夫内河水兵战船又其急务者也。”江浙一带沟河交错，水港相通，人行不便，舟行无滞，“整溯河船以攻之，亦为策之上者也”（《正气堂集》卷7《议水陆战备事宜》）。整修河船，拆除桥梁，使敌陆路难行，我则用船载来陆兵，对敌实行水陆夹攻，将其歼灭。
“海防之要惟有三策：出海会哨，毋使人港者，得上策；循塘距守，毋使登岸者，得中策；出水列阵，毋使近城者，得下策；不得已而至守城，则无策矣”（《筹海图编》卷6《直隶事宜》）。防守沿海城镇，使敌人不得近城，占领财富集中的城镇，是御敌的最后一道防线。城镇的战略地位不同，防守的方法也应不同，关键是防守重要城镇。对这样的城镇要城内派将帅，提重兵，城外设援军，一旦有警，合力歼敌。城镇防守要做好准备，包括城外实行坚壁清野，城内做好物质准备和组织准备。城镇防守要攻守结合。“攻之中有守，守之中有攻。攻而无守则为无根，守而无攻则为无干”（《筹海图编》卷12《严城守》）。不仅要凭
城固守，还要伺机出城与敌作战。城镇防守还要城内外配合，城内防守，城外救援，内外配合粉碎敌人进攻。
守之于海洋，守之于海岸，守之于内河，守之于城镇这种多层次防御体系，以守之于海为上策。但当时也有不同的主张，有人认为海战不可帱，而“以固海岸为不易之定策”（《等海图编》卷12《御海洋》）。御海洋是御之于远洋还是守之近海，也有争议。开始一些人主张守之于远海，后来人们发现守远洋供给困难，主张守近海，但应哨探于远海，实行“哨贼于远洋而不常厥居，击贼于近洋而勿使近岸”的防守方略。
第三，加强海防，除盗不除商。明代后期
徐光启提出了倭寇“来市则予之，来寇则歼之”的主张。他认为“有无相易，邦国之常”。日本需要中国货，互相贸易是正常的。开官市是正路，私人货易是旁路。嘉靖年间，由于不开官市，禁止私市，富豪欠倭寇的货款不还，加以
陈东、徐海的勾引，辗转而酿成了倭患。如果实行“除盗而不除商，禁私贩而通官市”，海上就不会有事。徐光启还认为市与盗是两回事，他要来人侵，你开市与否，都会入侵。禁止同他贸易，绝不能禁止他的入侵。要阻止他的入侵，只有加强戒备；如果不加强海防，只求禁止贸易是没用的。而且“惟市而后可以靖倭，惟市而后可以知倭，惟市而后可以制倭，惟市而后可以谋倭”（《徐光启集》卷1《海防迂说》）。在徐光启看来，倭寇的入侵是因为通商不得转而为盗，与其进行贸易，可以“靖倭”。通过通商可以了解敌人的情况从而“知倭”。通过贸易，私人造大量坚固的船舶，有事可改为兵船；购进日本的精利兵器，有众多兵器和舰船就可以“制倭”。通过贸易，对敌人了解比较透彻，就可以其国内矛盾，制止他的入侵，这就是“谋倭”。实行“除盗而不除商”的原则‘，不但不会削弱海防，反而能加强海防。