大连市交通局的内设机构分工明确，各司其职。首先，办公室负责机关的日常协调和督办，制定规则制度，负责文电、会务、后勤等管理工作，以及与人大代表和政协委员提案的沟通处理。
在政策法规方面，政策法规处负责草拟交通运输法规草案，审核局内文件合法性，进行执法检查和培训，处理行政诉讼等工作。
对于城市规划，规划处制定全市公路和运输体系发展规划，编制年度计划并监督实施，参与交通基础设施建设和国防动员交通战备工作。
在资金管理方面，账务处负责交通资金筹措，协调收费项目，负责机关和局属单位的财务与资产管理。
综合运输处研究交通动态，参与协调重大问题，负责综合运输统计和涉外事务，管理行政审批。
基本建设处制定建设管理政策，监管市场，审批和监管公路工程，包括设计、招投标和质量控制等。
在科技发展方面，科技处负责科技规划和项目的实施，推动交通信息化和环保，管理无线电通信和科技资金。
安全生产监督处确保交通安全，监管重大工程，负责应急救援和物资运输指挥。
审计方面，审计处负责专项资金和财务收支的审计监督，包括对局属单位领导的经济责任审计。
而在人事和组织工作方面，党委办公室负责领导班子、党组织建设，以及人事培训、精神文明建设和宣传等工作。
对于退休干部的管理，离退休干部处专门负责机关和局属单位的离退休工作。
最后，纪委、监察室承担纪检、行政监察和内部审计职责。